| 姓名 | 職稱 | 學門 | 研究領域 |
|---|---|---|---|
| 李貞德 | 特聘研究員兼所長 | 人類學門 | 婦女史、性別與醫療、性別與法律 |
| 王汎森 | 特聘研究員 | 歷史學門 | 明清及近代思想史、文化史 |
| 陳國棟 | 研究員 | 歷史學門 | 經濟史、明清史、臺灣史 |
| 李建民 | 研究員 | 人類學門 | 古代禮俗史、醫療史 |
| 祝平一 | 研究員 | 歷史學門 | 中西交通史、科技史 |
| 邱仲麟 | 研究員兼圖書館主任 | 歷史學門 | 明清社會史、醫療史 |
| 陳光祖 | 研究員 | 考古學門 | 科技考古學、科技史 |
| 黃銘崇 | 研究員 | 人類學門 | 上古史、建築史 |
| 李尚仁 | 研究員兼文物館主任 | 人類學門 | 醫學史、科學史 |
| 王鴻泰 | 研究員 | 歷史學門 | 明清社會文化史、明清城市史 |
| 陳正國 | 研究員兼副所長 | 歷史學門 | 近代英國史 |
| 林聖智 | 研究員兼副所長 | 人類學門 | 藝術史、中古時期墓葬圖像、道教美術史、東亞繪畫交流史 |
| 陳熙遠 | 研究員 | 歷史學門 | 清代歷史與檔案研究 |
| 戴麗娟 | 研究員 | 人類學門 | 法國近現代史、世界史、人類學史、博物館史 |
| 邱斯嘉 | 研究員 | 考古學門 | 太平洋考古學 |
| 內田(難波)純子 | 研究員 | 考古學門 | 商周青銅器研究 |
| 陳弱水 | 合聘研究員 | 中國思想史、唐史 | |
| 張谷銘 | 副研究員 | 歷史學門 | 近代歐洲科學與醫學史，人文學史、比較philology歷史，全球高等教育研究 |
| 郭素秋 | 副研究員 | 考古學門 | 臺灣史前考古學、臺灣原住民舊社考古學 |
| 陳雯怡 | 副研究員 | 歷史學門 | 宋元社會文化史 |
| 趙金勇 | 副研究員 | 考古學門 | 東南亞考古、臺灣考古 |
| 梁元禎 | 副研究員 | 歷史學門 | 中古至近代之地中海暨西班牙史、社會再製、家庭史 |
| 鄭雅如 | 副研究員 | 人類學門 | 中國中古女性史、社會文化史 |
| 藍弘岳 | 副研究員 | 歷史學門 | 日本思想史、東亞思想文化交流史 |
| 廖宜方 | 副研究員 | 人類學門 | 隋唐史 |
| 顏世鉉 | 副研究員 | 文字學門 | 古文字學 |
| 吳孟軒 | 副研究員 | 人類學門 | 世界史、宗教史、醫療史 |
| 劉欣寧 | 副研究員 | 歷史學門 | 秦漢法制史、社會史 |
| 巫毓荃 | 副研究員 | 人類學門 | 東亞醫學史、精神醫學史與心理學史 |
| 陳淑君 | 副研究員 | 鏈結資料、知識組織、後設資料、數位人文 | |
| 李仁淵 | 副研究員兼檔案館主任 | 歷史學門 | 明清社會文化史 |
| 林圭偵 | 副研究員 | 考古學門 | 中國考古、社會複雜化 |
| 陳韻如 | 助研究員 | 人類學門 | 唐宋醫療史、宋代社會文化史 |
| 王冠文 | 助研究員 | 考古學門 | 科技考古、古代高溫工藝研究、古代珠飾研究、環南海區域互動 |
| 黃儒宣 | 助研究員 | 文字學門 | 戰國秦漢文字、出土簡帛文獻、戰國秦漢史 |
| 高震寰 | 助研究員 | 文字學門 | 秦漢史、簡帛法律文書 |
| 李長遠 | 助研究員 | 歷史學門 | 唐宋思想史 |
| 李修平 | 助研究員 | 考古學門 | 中國考古學、中國上古史 |
| 李峙皞 | 助研究員 | 歷史學門 | 現代英國史、思想史、全球史 |
| 吳修安 | 助研究員 | 歷史學門 | 唐宋歷史地理、社會史 |
| 孔令偉 | 助研究員 | 歷史學門 | 元明清中國與歐亞大陸交流史、科技史、全球史、內亞語文學 |
| 陳珮瑜 | 助研究員 | 考古學門 | 臺灣考古學、南美考古學、小規模社會組織與經濟活動 |
| 童永昌 | 助研究員 | 歷史學門 | 宋代史、知識社會史、制度史、訊息史 |
| 鈴木惠可 | 助研究員 | 人類學門 | 藝術史、東亞近代美術史、臺灣美術史 |
| 黃庭碩 | 助研究員 | 人類學門 | 中國禪宗史、中國佛教史、唐宋史 |
| 石昇烜 | 助研究員 | 文字學門 | 秦漢史、簡牘學 |