人類學門
學門召集人：鄭雅如
本所初創即設有人類學及民物學組，並在廣州、雲南開展體質人類學調查。第二年併入考古學組。1933年本院社會科學研究所併入本所，一年後該單位轉而與北平社會調查所合作，但其中的民族學組仍留在本所，並改稱人類學組，聘吳定良為主任。後來吳定良籌組體質人類學研究所，1946年改聘凌純聲為主任。1955年本院民族學研究所成立，凌先生出任所長，但本所人類學組仍然維持不變。
原社會科學研究所民族學組之研究對象，係以中國東北及西南地區少數民族之原始文化為主。及至人類學組成立，文化人類學與體質人類學並重。但因日本佔領東北，乃專重西南民族調查。本院成立民族學研究所之後，本學門之研究範圍維持體質人類學，至於文化人類學則轉以民族史為主。
1980年以後，本學門在研究方法及研究範疇上有新的發展，其研究重點為利用歷史材料以及田野工作所蒐集的當代民間材料，從事社會史、民族史、宗教史、醫療史、以及生活禮俗史之研究，而總歸於社會和文化。之後的研究主軸以醫療文化、生活禮俗、宗教信仰、族群歷史與跨文化比較為主，除了傳統文獻與考古發掘資料之外，亦大量運用文字、圖片與影像之田野調查資料，結合歷史學與人類學的研究方法，輔以其他社會科學理論，探討過去史學界較少注意的課題。自上個世紀末起，本學門的研究則注意到歷史上「被忽略的中層」；這個「中層」歷史打破官、民的二分，包括了不同階層人共同實踐的基礎。其次，對於正統的建立展現興趣，如古典醫學、婦科醫學的確立等。此外，同仁對於「中心」與「邊陲」的關係亦多所著墨，不論是探討「漢與邊疆文化」或是研究「帝國中心與殖民地」，都有很好的成績。
由於有「生命醫療史研究室」、「禮俗宗教研究室」、「世界史研究室」等研究群體作為互動的機制，同仁之間探討課題的內在對話明顯，除了研究個別歷史問題外，亦不時針對相關領域的發展回顧省思。過去十餘年推動的醫療史研究、宗教研究、族群歷史研究，不僅在臺灣史學界引領風潮，所得研究成果在國際漢學界也居於領先地位。醫療文化研究的成果已編輯為「生命醫療史系列叢書」出版。
近二十年來因應新進人員的研究方向，增加古代文明、性別史、歐洲醫學史、日本醫學史等領域。具體課題包括東亞上古史、英國熱帶醫學史、中國傳教醫療史、近代中國博物館史與自然史、東亞精神科學史、日本近代心理治療、醫學與物質文化等課題。另外學門內有多位同仁關注中國中古史研究，包含女性史、社會文化史、性別與法律、醫療與知識、王權與祭祀、墓葬圖像等課題。