歷史學門
學門召集人：陳雯怡
本所始創於1928年，1929年裁併成三組，第一組為歷史學組，攻專史料學、文籍考訂與敦煌材料。2003年改「組」為「學門」。
本學門以斷代為綱，研究中國政治史並考訂相關史料。在傅斯年所長的領導下，名家輩出，如陳寅恪、勞榦、嚴耕望、全漢昇、陳槃、岑仲勉、徐中舒、王叔岷、黃彰健等。1980年代後，本學門賡續「上窮碧落下黃泉，動手動腳找材料」的家法，在斷代史的基礎上，關心從宮廷到市井、典章制度、思想文化，人們生活的層層面面。卓然成家者有：邢義田的秦漢帝國社會生活史、簡牘和圖像研究；黃寬重的南宋軍事史、地方社會和家族史；黃進興比較視野下的儒教宗教文化史和孔廟從祀制度；王汎森從明清到近現代中國的思想、學術和史學史；石守謙的藝術史與東亞視覺文化的交流。
進入廿一世紀後，本學門更迎來了世界史的專才，視中國為世界交流紐帶中的節點，重新審視中國的角色及其和世界的互動。我們希望以更開闊的視野和國際合作，與世界各地同行攜手探索中國史的變遷及其與全球史的關係。
目前學門同仁大致專攻幾項主題：一、知識的文化史：宋以降的政治觀念史和象徵性行動、元代地域士人群體之形成與互動、蘇格蘭啟蒙、英國的工人教育、高等教育與語文學的全球史、江戶後期的知識與政治社會間之關聯。二、訊息和物質的匯流與交換：視覺物件、航海知識、邊區貿易、官僚文書、地方文獻在各式場域中的流動及其後果。三、制度與法律史：簡牘、文書行政和邊塞的軍事防禦。四、社會史與宗教生活：環境變遷、長途旅行、官方祀典和民間信仰等。
除了個人與集體研究外，本學門亦著力於學術研究的基礎建設，如整理文書檔案、電子資料庫（漢籍及歷史GIS系統等）和新訂出版《居延漢簡補編》，並歡迎全世界學者與我們交流。