考古學門
學門召集人：邱斯嘉
本所設所之初，籌設八組，考古學即為其中之一。隨後組織重整只分三組，第三組負責考古學、人類學和民物學的研究。1934年，人類學研究從考古組移出另成立人類學組，第三組乃專責考古學研究。
1928至1937年，考古組在河南安陽共進行十五次大規模的發掘，發現了商代晚期都城的宮殿宗廟區和王陵區，出土大量有字甲骨以及銅器、陶器、玉石器等文物，在當時疑古的學術氛圍下，為中國古史研究開啟新紀元，奠定本所在世界學術界的重要地位。此外，從1928至1946年間，考古組也在中國各地從事許多考古發掘和調查，樹立中國現代田野考古的規範。
本所遷臺之初，考古組同仁專意整理在大陸發掘之資料，先後出版《中國考古報告集》（小屯、侯家莊、古器物研究專刊）等二、三十巨冊；稍後逐步開展臺灣考古調查與發掘。1972年國科會補助推動「臺灣省濁水、大肚兩溪流域自然與文化史科際研究計畫」，在本所成立「臺灣考古研究室」。此後，臺灣考古乃成為本所重要的工作項目，田野調查與發掘區域遍布臺灣本島平地與山區，涵蓋大甲溪、大肚溪、濁水溪、曾文溪、高屏溪等流域，以及綠島、蘭嶼、澎湖群島、金門與馬祖等離島地區。發掘遺址包括南部科學園區遺址群以及大馬璘、圓山、曲冰、左營、十三行、龜山、西寮、支亞干（萬榮平林）、八仙洞、籬仔尾、漢本以及花岡山和植物園等重要考古遺址，對臺灣從史前至歷史時期文化史的建構、先民生活與社會狀況的樣貌重建、島內範圍內甚至與周邊地區人群的互動，都提供了重要的資料，對臺灣史的書寫以及鄉土教育的推展，都有重大的貢獻。
考古學門目前的研究工作有三個主要方向：一、以中原為中心之亞洲大陸地區考古學研究（包括夏商周三代文明考古、中國上古史、以及西南地區考古研究）；二、以臺灣為中心擴及東南亞與大洋洲地區之考古學研究（包括臺灣史前史與南島民族起源與遷移史，並建立本地的考古學理論與方法），以及歷史考古學與臺灣早期歷史建構（包括九世紀以來環南海考古學研究、臺灣及周邊島嶼早期歷史之考古學研究、與水下考古等）；三、科技考古學研究（包括金屬器、陶器、玉石器、玻璃等出土遺物、人骨與生態遺留，以及遺址土壤的實驗分析研究），深化討論古代人群生活環境、社會樣貌、工藝技術、發展過程與族群互動。
為了在既有的基礎上深化研究水準以及拓展特色研究領域，以本學門研究同仁為主，另籌設「臺灣與東南亞考古學研究室」，匯整臺灣考古界的研究力量，並延伸開展越南、菲律賓與東帝汶等地區田野研究，進一步對臺灣及周邊地區的考古文化展開深入的探討。自2013年起，本院人文社會科學研究中心轄下「考古學研究專題中心」併入本所，得以與本學門臺灣、中原兩大重點研究區域結合，形成從中國東南沿海、臺灣、島嶼東南亞，到太平洋地區之整體跨區域考古文化的探索，在本院考古學研究群體歸一的狀況下，強化南島民族起源與遷移的課題，並發展跨學科的區域研究。