組織圖說明：
- 第一層：所務會議、學術諮詢委員會
- 第二層：所長
- 第三層：副所長
- 1. 學術發展委員會
- 1-1 歷史學門
- 1-2 考古學門
- 1-3 人類學門
- 1-4 文字學門
- 1-5 專題研究室及工作室
- 1-5-1 文化思想史研究室
- 1-5-2 制度與社會研究室
- 1-5-3 臺灣與東南亞考古學研究室
- 1-5-4 文物圖象研究室
- 1-5-5 生命醫療史研究室
- 1-5-6 禮俗宗教研究室
- 1-5-7 世界史研究室
- 1-5-8 數位人文學研究室
- 1-5-9 明清檔案工作室
- 1-5-10 漢籍全文資料庫工作室
- 1-5-11 金文工作室
- 1-5-12 安陽工作室
- 1-5-13 所史工作室
- 1-5-14 科技考古實驗室
- 1-5-15 文物維護實驗室
- 2. 編輯出版部（出版品編輯委員會）
- 3. 四館
- 3-1 傅斯年圖書館（圖書館委員會）
- 3-2 歷史文物陳列館
- 3-3 臺灣考古館
- 3-4 檔案館（檔案館委員會）
- 4. 行政事務
- 4-1 事務室
- 4-2 秘書室
- 4-3 會計室
- 4-4 資訊室（資訊委員會）