組織図說明：
- 第一：所務会議、学術諮問委員会
- 第二：所長
- 第三：副所長
- 1. 学術発展委員会
- 1-1 歴史学門
- 1-2 考古学門
- 1-3 人類学門
- 1-4 文字学門
- 1-5 専門研究室及研究グループ
- 1-5-1 文化思想史研究室
- 1-5-2 制度‧社会研究室
- 1-5-3 台湾・東南アジア考古学研究室
- 1-5-4 文物・図像研究室
- 1-5-5 生命・医療史研究室
- 1-5-6 礼俗・宗教研究室
- 1-5-7 世界史研究室
- 1-5-8 デジタル人文学研究室
- 1-5-9 明清档案研究グループ
- 1-5-10 漢籍全文データベース研究グループ
- 1-5-11 金文研究グループ
- 1-5-12 安陽研究グループ
- 1-5-13 考古科学研究実験室
- 1-5-14 文物保存修復実験室
- 2. 編集・出版部(出版品編集委員会)
- 3. 機構:四つの館
- 3-1 傅斯年図書館(図書館委員会)
- 3-2 歴史文物陳列館
- 3-3 台湾考古館
- 3-4 档案館(档案館委員会)
- 4. 事務業務
- 4-1 事務室
- 4-2 秘書室
- 4-3 会計室
- 4-4 情報システム管理室
