本所の創立以降、各分野の研究者らが積極的に収集した、研究に関係する文物、図書、档案等の史料は、傅斯年図書館や考古館、各研究機関に収蔵されてきました。
2001年からは、本所の所蔵資料、例えば考古物、拓本、善本古典籍、少数民族文物、内閣大庫档案のデジタル化が次々と完成しました。将来的に、本所の各所が所蔵する文献資料とそのデジタル・アーカイブを統括し、連携させていくために、2014年10月に「档案館」が設置されました。本館は、本所所蔵資料のデジタル化を推進し、アーカイブのシステム管理と維持を行う一方で、新しい資料も収集し続けています。現在、当館の主要作業は、本所成立以来の各種に渡る学術・事務・庶務文書の整理を中心としています。
