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本所自成立以來,即積極蒐集與研究相關之文物、圖籍、檔案等各種史料,分別庋藏於傅斯年圖書館、考古館與各研究單位。
自2001 年起,更陸續進行考古、拓片、善本圖籍、少數民族、內閣大庫檔案等各項典藏的數位化工作。為將來有效統籌、協調所內各單位典藏之檔案文獻與相關之數位資源,遂於2014 年10月設置「檔案館」,期能逐步將本所庋藏之檔案進行有系統的管理與維護,同時持續徵集檔案。
目前以持續整理本所成立以來各種學術研究檔案、行政並一般庶務之文書資料為主要工作。
相關網站:歷史語言研究所檔案館