Institute of History and Philology, Academia Sinica

1. 《明實錄校勘記》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，1963-1968），共29本。
2. （校勘）《明實錄》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，1966）。
3. 《戊戌變法史研究》（臺北：中央研究院歷史語言研究所專刊之54，1970），660頁。按：此書後有增訂版：《戊戌變法史研究》（上海：上海書店出版社，2007），增訂版分為上、下兩冊，多收錄作者四篇相關文章。
4. 《康有為戊戌真奏議‧『附康有為偽造「戊戌奏稿」』》（臺北：中央研究院歷史語言研究所史料叢書，1974），534頁。
5. 《經學理學文存》（臺北：臺灣商務印書館，1976），255頁。
6. 《明清史研究叢稿》（臺北：臺灣商務印書館，1977），655頁。
7. 《明代律例彙編》（臺北：中央研究院歷史語言研究所專刊之75，1979），1391頁。
8. 《經今古文學問題新論》（臺北：中央研究院歷史語言研究所專刊79，1982），809頁。
9. 《中國遠古史研究》（臺北：中央研究院歷史語言研究所專刊之97，1996），191頁。
10. 《周公孔子研究》（臺北：中央研究院歷史語言研究所專刊之98，1997），373頁。
11. 《武王伐紂年新考並論《殷曆譜》的修訂》（臺北：中央研究院歷史語言研究所專刊之100，1999），287頁。
12. 《二二八事件真相考證稿》（臺北：中央研究院．聯經出版事業公司，2007），602頁。

1. 〈「張三世」古義〉，《學原》1.8（1947）：15-19。
2. 〈洪武二十二年太孫改律及三十年律誥考〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》20下（1948）：223-250。
3. 〈鵝湖之會朱陸異同略說〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》22（1950）：261-265。後收入《宋史研究集．2》（臺北：國立編譯館，1964），頁31-38。
4. 〈大明律誥考〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》24（1953）：77-101。
5. 〈讀明史王艮傳〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》24（1953）：103-105。
6. 〈明外史考〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》24（1953）：107-134。
7. 〈孟子與告子論性諸章疏釋〉，《大陸雜誌》6.7（1953）：1-7。本文後收入楊化之編，《孟子研究集》（臺北：中華叢書編審委員會，1963.3），頁91-109。
8. 〈釋《漢書．地理志》所記秦郡與漢郡國的增置〉，《中央研究院院刊》1（1954）：281-336。
9. 〈孟子性論之研究〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》26（1955.6）：227-308。
10. 〈釋孟子「天下之言性也則故而已矣」章〉，《大陸雜誌》10.7（1955）：6-10。本文後收入楊化之編，《孟子研究集》，頁111-124。
11. 〈釋孟子「公都子問性」章的才字情字〉，《民主評論》6.16（1955）：91-92。本文後收入楊化之編，《孟子研究集》，頁125-138。
12. 〈宋刊殘本《禮記正義》跋〉，《大陸雜誌》11.5（1955）：32。
13. 〈讀錢賓四先生《中庸新義》〉，《民主評論》7.1（1956）：4-7。本文後收入楊化之編，《孟子研究集》，頁339-352。
14. 〈讀錢賓四先生〈中庸新義申釋〉(上)〉，《大陸雜誌》12.9（1956.05）：10-14。
15. 〈讀錢賓四先生〈中庸新義申釋〉(下)〉，《大陸雜誌》12.10（1956.05）：14-20。
16. 〈讀錢賓四先生〈中庸新義申釋〉〉，《孟子研究集》（臺北：中華叢書編審委員會，1963.3），頁369-400。
17. 〈論四書章句集注定本〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》28上（1956）：497-515。
18. 〈跋史語所藏明刊清修本《天工開物》〉，《大陸雜誌》14.4（1957.02）：8-9。
19. 〈論秦以前的賜姓制度（上）〉，《大陸雜誌》14.11（1957.06）：7-12。
20. 〈論秦以前的賜姓制度（下）〉，《大陸雜誌》14.12（1957.06）：17-22。
21. 〈讀《皇明典禮》〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》29下（1958）：661-676。
22. 〈論《明史》所記四輔官事〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》30下（1959）：557-595。
23. 〈蒙古世系譜撰人〉，《慶祝董作賓先生六十五歲論文集》（臺北：中央研究院歷史語言研究所集刊外編第4種，1960），上冊，頁327-328。
24. 〈明史纂誤〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》31（1960）：303-346。
25. 〈明末實錄書成謄寫四分說〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》31（1960）：347-352。
26. 〈明實錄校勘記引據各本目錄〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》31（1960）：353-380。
27. 〈影印國立北平圖書館藏紅格本明實錄並附校勘記序〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》32（1961）：1-17。
28. 〈論《皇明祖訓錄》所記明初宦官制度〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》32（1961）：77-98。
29. 〈論《皇明祖訓錄》頒行年代並論明初封建諸王制度〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》32（1961）：119-137。
30. 〈讀明刊《毓慶勳懿集》所載明太祖與武定侯郭英敕書〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》34下（1963）：617-625。
31. 〈論朱子對論語「夫子之文章」的注釋並論了解論語的方法〉，《孔孟月刊》38（1965）：26-30。
32. 〈明史纂誤續〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》36下（1966）：445-512。
33. 〈汲古閣詞苑英華本《少游詩餘》校錄〉，饒宗頤編校，《淮海居士長短句》（香港：龍門書店，1966），頁133-151。
34. 〈《皇明世法錄》影印本評介〉，《書目季刊》1（1966）：55-57。
35. 〈論明初北元君主世系〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》37上（1967）：313-322。
36. 〈奴兒哈赤所建國號考〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》37下（1967）：421-448。
37. 〈論張儒紳齎夷文至明年月並論奴兒哈赤的七大恨及滿文老檔諱稱建州國〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》37下（1967）：449-457。
38. 〈滿洲國國號考〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》37下（1967）：459-473。
39. 〈清太祖天命建元考〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》37下（1967）：475-496。
40. 〈滿洲開國史叢考〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》37下（1967）：421-509。
41. 〈論清太祖於稱汗後稱帝，清太宗即位時亦稱帝〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》37下（1967）：497-503。
42. 〈論滿文nikan這個字的含義〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》37下（1967）：505-510。
43. 〈明史纂誤再續〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》37下（1967）：511-576。
44. 〈《譚嗣同全集》書札繫年〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》38（1968）：293-318。
45. 〈康有為衣帶詔辨偽〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》38（1968）：319-350。
46. 〈論康有為「保中國不保大清」的政治活動〉，《大陸雜誌》36.12（1968）：1-29。
47. 〈康有為「戊戌奏稿」辨偽〉，《大陸雜誌》37.1（1968）：42-45。
48. 〈論光緒丁酉十一月至戊戌閏三月康有為在北京的政治活動〉，《大陸雜誌》37.9（1968）：7-24。
49. 〈歷史語言研究所校印明實錄的工作〉，《中央研究院歷史語言研究所四十周年紀念特刊》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，1968），頁207-213。
50. 〈論光緒賜楊銳密詔以後至改變爆發以前康有爲的政治活動〉，《大陸雜誌》38.9（1969.05）：7-24。
51. 〈論今傳譚嗣同獄中題壁詩曾經梁啓超改易〉，《大陸雜誌》38.9（1969）：25-29
52. 〈《律解辯疑》、《大明律直解》及《明律集解附例》三書所載明律之比較研究〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》39上（1969）：289-308。
53. 〈〈明史考證攟逸〉糾謬〉，國立故宮博物院故宮季刊編輯委員會編，《慶祝蔣復璁先生七十歲論文集》（臺北：國立故宮博物院，1969），頁125-156。
54. 〈明實錄人名索引編纂計畫節要〉，《中國東亞學術研究計劃委員會年報》8（1969.08）：172。
55. 〈《康有為戊戌奏稿》辨偽並論今傳康戊戌以前各次上書是否與當時呈原件內容相合〉，《史學彙刊》2（1969.08）：217-222。
56. 〈讀康有為《日本變政考》〉，《大陸雜誌》40.1（1970）：1-11。
57. 〈論光緒十四年康有為代屠仁守草摺事〉，《大陸雜誌》40.2（1970.01）：12-24。
58. 〈「唐寫本周易正義殘卷」後〉，《大陸雜誌》42.9（1971）：30-33。
59. 〈關于拙著《戊戌變法史研究》—敬答汪榮祖先生〉，《大陸雜誌》43.4（1971）：53-55。
60. 〈釋周公受命義〉，《大陸雜誌》46.5（1973）：48-59。
61. 〈釋周公受命義〉，《東方雜誌》復刊7.11（1974）：34-39。
62. 〈《康有為戊戌真奏議》序〉，《大陸雜誌》48.2（1974.02）：45-48。
63. 〈釋周公受命義續記〉，《大陸雜誌》48.3（1974）：43-48。
64. 〈讀清世祖實錄〉，《大陸雜誌》47.1（1973.07）：49-56。
65. 〈讀清世祖實錄〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》45.2（1974）：241-254。
66. 〈明洪武永樂朝的榜文峻令〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》46.4（1974）：557-594。
67. 〈康有為與「保中國不保大清」〉，《大陸雜誌》49.5（1974）：43-52。
68. 〈理學的定義、範圍及其理論結構〉，《大陸雜誌》50.1（1975）：1-49
69. 〈《明代律例彙編》序〉，《大陸雜誌》53.4（1976）：1-19。
70. “On the Hundred Days Reform,” Paul A. Cohen and John E. Schreckern eds., Reform in Nineteenth-Century China (Cambridge, Mass.: East Asian Research Center, Harvard University: distributed by Harvard University Press, 1976), pp. 306-309.
71. 〈四論周公受命攝政稱王問題〉，《大陸雜誌》54.3（1977）：114-118。
72. 〈陶弘景著《帝王年曆》以竹書為正〉，《大陸雜誌》55.6（1977）：270-272。
73. 〈杜正勝著「尚書中的周公」書後〉，《大陸雜誌》56.3/4（1978）：123-124。
74. 〈讀明史余應桂、揭重熙、傅鼎銓三人傳〉，《明史研究專刊》1（1978）：170-172。
75. 〈經今古文學問題新論〉，《大陸雜誌》58.2（1979）：49-87。
76. 〈經今古文學問題新論（中篇之一）〉，《大陸雜誌》60.1（1980）：1-24。
77. 〈經今古文學問題新論（中篇之二）〉，《大陸雜誌》60.2（1980）：64-87。
78. 〈論鄭桓公滅鄶，並論京兆鄭縣非鄭桓公封邑，申臣瓚說〉，《大陸雜誌》60.5（1980）：1-5。
79. 〈經今古文學問題新論（中篇之三上）〉，《大陸雜誌》61.1（1980）：1-29。
80. 〈經今古文學問題新論（中篇之三下）〉，《大陸雜誌》61.2（1980）：16-31。
81. 〈論康有為進呈《孔子改制考》月日，并論康《戊戌奏稿》、「請尊孔聖爲國教摺」爲康事隔多年僞作〉，《大陸雜誌》61.5（1980）：216-217。
82. 〈康有為戊戌年真奏議—「日本變政考」、「傑士上書彙錄」等書，已在北平故宮博物院發現〉，《大陸雜誌》62.6（1981）：1-7。
83. 〈經今古文學問題新論（中篇之四）〉，《大陸雜誌》64.1（1982）：11-22。
84. 〈敬答陳槃庵先生（關於經今古文學問題）〉，《大陸雜誌》64.5（1982）：8-9。
85. 〈《明史》廣西土司傳考證—明史纂誤三續〉，《大陸雜誌》68.1（1983）：7-27。
86. 〈《明史》貴州土司傳記靄翠奢香事失實辨〉，《大陸雜誌》68.2（1983）：54-61。
87. 〈與友人論「古文奇字」書〉，《大陸雜誌》68.4（1984）：192。
88. 〈象山思想臨終同於朱子：孫應時與朱子及陸象山往來書信繫年〉，《大陸雜誌》69.1（1984）：32-42。
89. 〈明史考異（一）〉，《蔣慰堂先生九秩榮慶論文集》（臺北：臺灣商務印書館，1987），頁141-193。
90. 〈談戊戌政變──與高陽、汪榮祖二先生商榷〉，《歷史月刊》7（1988.08）：27-35。
91. 〈再談戊戌政變—答汪榮祖〉，《大陸雜誌》77.5（1988）：1-7。
92. 〈再論清太祖清太宗的國號、年號及位號—敬答蔡美彪先生〉，《大陸雜誌》76.5（1988）：1-5。
93. 〈拙著《戊戌變法史研究》的再檢討—並評介最近幾年國人研究戊戌政變法的成績〉，《中央研究院第二屆國際漢學會議論文集‧明清與近代史組》（臺北：中央研究院，1989），下冊，頁729-768。
94. 〈了解《論語》的方法—並簡論漢宋學派對《論語》的解釋〉，《清華大學學報》（哲學社會科學版）1.5（1990）：45-65。（1989.7.20在新竹清華大學人文社會學院演講稿）按：此文後收入《孔子誕辰2540周年紀念與學術討論會論文集（中）》（上海：三聯書店，1992.05），頁1542-1579。
95. 〈論「傑士上書彙錄」所載康有為上光緒第六書第七書曾經光緒改易，並論康上光緒第五書確由總署遞上〉，《故宮學術季刊》9.1（1991）：1-30；亦載於《清史研究》1996.4：32-45。
96. 〈曹植「洛神賦」新解〉，《故宮學術季刊》9.2(1991.11)：1-30。
97. 〈康有為與戊戌變法—答汪榮祖〉，《大陸雜誌》86.3（1993.03）：1-23。
98. 〈康有為與戊戌變法〉，《清史研究》1993.4：83-106。
99. 〈劉著《尚書學史》讀記〉，《大陸雜誌》88.6（1994）：1-9；亦載於《中國典籍與文化論叢》第二輯（北京：中華書局，1995），頁196-225。
100. 〈讀杜預〈春秋序〉，并論《左傳》原書的名稱〉，《大陸雜誌》88.1（1994）：1-3。
101. 〈跋北京圖書館本《勉齋先生黃文肅公文集》〉，《國立中央圖書館館刊》27.1（1994.06）：151-162。
102. 〈論譚嗣同獄中詩〉，鄔昆如等編，《譚嗣同先生學術研討會論文集》（臺北：中華仁學會，1995），頁1-10。
103. 〈《大眾草書千字文》序〉，1995年7月22日。
104. 〈論譚嗣同獄中詩—與孔祥吉先生商榷〉，《大陸雜誌》90.2（1995）：1-5。
105. 〈論譚嗣同獄中詩──與孔祥吉先生商榷〉，《近代史研究》4（北京，1995）：54-64。
106. 〈料談治史求真之不易〉，《文史雜誌》5（北京，1998）：47。
107. 〈釋〈武成〉月相、金文月相，並論〈晉侯（魚木）編鐘〉及武王伐紂年上〉，《大陸雜誌》96.4（1998.04)：19-28。
108. 〈釋〈武成〉月相、金文月相，並論〈晉侯（魚木）編鐘〉及武王伐紂年下〉，《大陸雜誌》96.5（1998.05）：14-37。
109. 〈釋《武成》與金文月相——兼論〈晉侯（魚木）編鐘〉及武王伐紂年〉，《歷史研究》2（北京，1998）：5-24。
110. 〈戊戌變法與素王改制〉，《大陸雜誌》100.5（2000）：1-19。
111. 〈釋武成月相，敬答張聞玉先生〉，《大陸雜誌》102.1（2001）：1-5。
112. 〈論衣禮與商代周祭制度．上〉，《中國史研究》2002.1：11-49。
113. 〈論衣禮與商代周祭制度．下〉，《中國史研究》2002.2：7-36。
114. 〈彭孟緝與高雄事件真相〉，鄭水萍編著，南方文史工作室、樹德科技大學古蹟建築系編輯，《高雄研究學報（高雄研究研討會論文集）》（高雄：春暉出版社，2003），頁77-92。
115. 〈再論彭孟緝與高雄事件真相（二稿）〉，「大高雄地區近百年文化變遷研討會」宣讀，2003.11.13。
116. 〈林茂生之死考〉，《歷史月刊》193（2004）：135-146。
117. 〈釋《春秋》左氏經傳所記魯國褅禮並釋《公羊傳》“五年而再殷祭”〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》75.4（2004）：699-743。
118. 〈二二八高雄事件新考〉，《歷史月刊》229（2007）：72-74。
119. 〈論《春秋》學的時代使命—並簡介我對春秋經傳禘給問題的研究〉（及後記），饒宗頤主編，《華學》第9、10輯第二冊（上海：上海古籍出版社，2008），頁472-480。
120. 〈讀侯坤宏先生新編《大溪檔案》〉，《檔案季刊》7.3（2008）：4-7。
121. 〈〈論《春秋》學的時代使命—並簡介我對《春秋》經傳禘給問題的研究後記〉續記〉，《古今論衡》20（2010）：3-9。
122. 〈讀茅著《從甲午到戊戌：康有為《我史》鑒注》—與茅海建先生商榷的信〉，《古今論衡》20（2010）：11-18。

備註：以上資料係參照吳銘能先生所編黃彰健先生著作年表（2010.03），以及邱澎生、閻鴻中與邱仲麟合著，〈融攝人生志業於史事考訂的大家：悼念黃彰健先生〉（《明代研究》13（2009.12））一文所附著作目錄，並就史語所黃彰健先生檔案資料增補編輯而成。