中央研究院歷史語言研究所

專書

1. 《漢魏石經殘字校錄》（山東省立圖書館，1936）。
2. 《詩經釋義》（臺北：中華文化出版事業委員會，現代國民基本知識叢書，1952）。
3. 《尚書釋義》（臺北：中華文化出版事業委員會，1953）。
4. 《圖書板本學要略》，屈萬里、昌彼得合著（臺北：中華文化出版事業委員會，現代國民基本知識叢書第一輯，1955）。
5. 《殷虛文字甲編考釋》（臺北：中央研究院歷史語言研究所中國考古報告集之二小屯第二本，1961）。
6. 《漢石經周易殘字集證》（臺北：中央研究院歷史語言研究所專刊之46，1961）。
7. 《漢石經尚書殘字集證》（臺北：中央研究院歷史語言研究所專刊之49，1963）。
8. 《古籍導讀》，香港：綠原書店，1964；又，臺灣開明書店，1964；聯經出版公司，1984）。
9. 《先秦漢魏易例述評》（臺北：臺灣學生書局，1969；又，聯經出版公司，1984）。
10. 《書傭論學集》（臺北：臺灣開明書店，1969；又，聯經出版公司，1984）。
11. 《論語公山弗擾章辨證》，出版資料不詳，1970）。
12. 《二戴記解題》（臺北：中央研究院民族學研究所，1971）。
13. 《尚書釋義》（臺北：中國文化學院出版社，1980）。
14. 《先秦文史資料考辨》（臺北：聯經出版公司，1983）。
15. 《尚書異文彙錄》（臺北：聯經出版公司，1983）。
16. 《詩經詮釋》（臺北：聯經出版公司，1983）。
17. 《讀易三種》（臺北：聯經出版公司，1983）。

校注、編輯等

1. 《詩經選注》，屈萬里選注（臺北：正中書局，1955；又，國立編譯館，1977）。
2. 《中國文學史選例》，胡適編，屈萬里校訂（臺北：臺灣商務印書館，1963）。
3. 《史記今註》，勞榦、屈萬里校註（臺北：中華叢書委員會，1963）。
4. 《尚書今註今釋》，屈萬里註釋（臺北：臺灣商務印書館，1969）。
5. 《探討殷商文化的主要史料：甲骨文》，屈萬里講（臺北：教育部文化局，1969）。
6. 《雜著秘笈叢刊》，屈萬里主編（臺北：臺灣學生書局，1971）。
7. 《方忍齋所著書》，方濬頤撰，屈萬里、劉兆祐主編（臺北：聯經出版公司，1976）。
8. 《冶麓山房叢書》，屈萬里、劉兆祐主編（臺北：聯經出版公司，1976）。
9. 《漢魏石經殘字》，屈萬里校錄（臺北：聯經出版公司，1984）。
10. 《清詒堂文集》，清‧王筠著，屈萬里、鄭時輯校（濟南：齊魯書社，1987）。

論文

1. 〈□不□解〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》13（1948）：209-211；又《六同別錄》中冊，中央研究院歷史語言研究所，1945。
2. 〈甲骨文?比二字辨〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》13（1948）：213-217；又《六同別錄》中冊，中央研究院歷史語言研究所，1945。
3. 〈諡法濫觴於殷代論〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》13（1948）：219-226；又《六同別錄》中冊，中央研究院歷史語言研究所，1945。
4. 〈卦源於龜卜考〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》27（1956）：117-133。
5. 〈尚書?陶謨篇著成的時代〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》28上（1956）：381-392。
6. 〈尚書文侯之命著成的時代〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》29下（1957）：499-511。
7. 〈河字意義的演變〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》30上（1959）：143-155。
8. 〈釋□〉，《慶祝董作賓先生六十五歲論文集》上冊（臺北：中央研究院歷史語言研究所集刊外編第四種，1960），頁189-195。
9. 〈曾伯□簠考釋〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》33（1962）：331-349。
10. 〈論國風非民間歌謠的本來面目〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》34下（1962）：477-491。
11. 〈論禹貢著成的時代〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》35（1964）：53-86。
12. 〈釋黹屯〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》37上（1967）：65-78。
13. 〈西周史事概述〉，附載於《中央研究院歷史語言研究所集刊》42.4（1970）：775-802。
14. 〈兕觥問題重探〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》43.4（1970）：533-542。
15. 〈屈萬里先生手批老子〉，附載於《中央研究院歷史語言研究所集刊》51.4（1970）：749-796。

其他

1. 〈漢石經周易為梁丘氏本考——跋張溥泉先生藏漢熹平石經周易殘石〉，《國立中央圖書館館刊》復刊1（1947）：26-28。
2. 〈周易卦爻辭利西南不利東北說〉，中央日報《文史周刊》65，1947。
3. 〈周易卦爻辭成於周武王時考〉，《臺灣大學文史哲學報》1（1950）：80-100。
4. 〈罔極解〉，《大陸雜誌》1.1（1950）：5-6。
5. 〈詩三百篇成語零釋〉，《臺灣大學文史哲學報》4（1951）：1-18。
6. 〈十三經注疏板刻述略〉，《學原》3.3/4，1951。
7. 〈周誥十二篇中的政治思想〉，《中國政治思想與制度史論集》（臺北：中華文化出版委員會，1954），頁1-9。
8. 〈說易散稿〉，《臺灣大學文史哲學報》7（1956）：23-40。
9. 〈論出車之詩著成的時代〉，《清華學報》新1.2（1957）：102-108。
10. 〈闕里聖蹟述證〉，《孔學論集》二（臺北：中華文化出版事業委員會，1957），頁361-372。
11. 〈甲骨金文與經學〉，《學人——文史叢刊》1（1957）：19-28。
12. 〈「滕王閣序」的兩個問題〉，《大陸雜誌》16.9（1958）：1-5。
13. 〈先秦漢魏易例述評〉，《學術季刊》6.4（1958）：10-45；又《幼獅學報》1.2（1959）：1-66。
14. 〈跋國立中央圖書館藏宋刊本注東坡先生詩〉，《圖書館學報》創刊號（1959）：4-21。
15. 〈仁字涵義之史的觀察〉，《民主評論》5.23（1954）：22-25；又《孔子研究集》（臺北：中華叢書編審委員會，1960），頁273-285。
16. 〈岳義稽古〉，《清華學報》2.1（1960）：53-68。
17. 〈尚書中不可盡信的材料〉，《新時代》1.3（1961）：23-25。
18. 〈周易古義補〉，《孔孟學報》2（1961）：93-106。
19. 〈案〉，《大陸雜誌》23.8（1961）：1-3。
20. 〈尚書甘誓篇著成的時代〉，《大陸雜誌》特刊2（1962）：165-170。
21. 〈我國傳統古史說之破壞和古代信史的重建〉，《第二屆亞洲歷史學家會議論文集》（臺北：亞洲歷史學家協會編輯委員會，1963），頁1-16。
22. 〈孟子七篇的編者和孟子外書的真偽問題〉，《孔孟學報》7（1964）：41-48。
23. 〈甲骨文資料對於書本文獻之糾正與補闕〉，《大陸雜誌》28.11（1964）：1-4。
24. 〈宋人疑經的風氣〉，《大陸雜誌》29.3（1964）：23-25。
25. 〈史記殷本紀及其他紀錄中所載殷商時代的史事〉，《文史哲學報》14（1965）：87-118。
26. 〈跋李棪齋先生綴合的兩版「用侯屯」牛骨卜辭〉，《大陸雜誌》31.3（1965）：73-76。
27. 〈讀周書世俘篇〉，《慶祝李濟先生七十歲論文集》上冊（臺北：清華學報社，1965），頁317-331。
28. 〈說乘石〉，《清華學報》新5.2，1966。

經歷：
本所助理員 (1943-1944)，助理研究員 (1944-1945)，兼任副研究員 (1955-1956)，兼任研究員 (1956-1957)，專任研究員 (1957-1979.2)，專任研究員兼所長 (1973.1-1978.7)。
國立臺灣大學中文系副教授（1949-1953）、教授（1953-1957）。

中央研究院院士 (1972)