中央研究院歷史語言研究所

《臺北縣樹林鎮狗蹄山遺址》（臺北：國立臺灣大學人類學研究所碩士論文，1982）。

1. 石璋如、劉益昌，《大馬璘》，中央研究院歷史語言研究所專刊89（臺北：中央研究院歷史語言研究所，1987）。
2. 《臺灣的考古遺址》（臺北：臺北縣立文化中心，1992）。
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4. 劉益昌、林俊全、劉得京，《史前文化》（臺東：交通部觀光局東部海岸風景特定區管理處，1993）。
5. 黃士強、劉益昌，《臺東縣東河橋南北引道考古遺址搶救與評估》，臺灣大學考古人類學專刊19（臺北：國立臺灣大學，1993）。
6. 《臺灣的史前文化與遺址》（南投：臺灣省文獻委員會，1996）。
7. 《存在的未知——臺中地區的考古遺址與史前文化》（豐原：臺中縣立文化中心，1999）。
8. 詹素娟、劉益昌，《大臺北都會區原住民歷史專輯——凱達格蘭調查報告》（臺北：臺北市文獻委員會，1999）。
9. 劉益昌、陳玉美，《高雄縣史前歷史與遺址》，高雄縣文獻叢書系列3（鳳山：高雄縣政府，1997）。
10. 《又見大馬璘——1996年大馬璘遺址出土資料整理報告》（埔里：展顏文化事業工房，2000）。
11. 臧振華、劉益昌，《十三行遺址搶救與初步研究》（板橋：臺北縣政府文化局，2001）。
12. 《淡水河口的史前居民》（八里：臺北縣立十三行博物館籌備處，2002）。
13. 《臺灣原住民史——史前篇》（臺北：國史館臺灣文獻館編印，2002）。
14. 《西大墩窯的故事》（埔里：臺灣打里摺文化協會，2007）。
15. 《歷史的左營腳步——從舊城考古談起》（高雄：高雄市政府文化局，2008）。
16. 劉益昌、莊詩盈，《歷史的植物園腳步：從考古學研究談起》（臺北：行政院農委會動植物防疫檢疫局，2011.11）。
17. 《臺灣全志（卷3）住民志考古篇》（南投：國史館臺灣文獻館，2011.12）。
18. 《濁水沖積扇區域史前文化與人群關係之研究》（南投：國史館臺灣文獻館，2012.4）。
19. 劉益昌、江芝華、邱水金、李貞瑩，《宜蘭縣丸山遺址1998年發掘報告》（宜蘭：蘭陽博物館，2017.12）。
20. 《芝山岩遺址與臺北史前》（臺北：臺北市立文獻館，2018.9）。
21. 劉益昌、蔣秉真，《湖山水庫：人文遺址館基地範圍遺址挖掘成果報告書》（斗六：雲林縣政府，2019.3）。
22. 《典藏臺灣史(一)史前人群與文化》（臺北：玉山社，2019.4）。
23. 《歷史的左營腳步：左營舊城遺址考古》（高雄：高雄市文化局，2019.7）。
24. 《壽山思想起》（高雄：國家自然公園，2020.11）。
25. 《國分直一與臺南：不是灣生的灣生》（臺北：蔚藍文化出版股份有限公司、臺南市政府文化局，2021.5）。
26. 《高雄市左營區鳳山縣舊城(城內空間)考古調查發掘暨展示研究計畫成果報告書》（高雄：高雄市文化局，2021.7）。
27. 劉益昌、康培德，《小琉球事件調查研究》（南投縣：國史館臺灣文獻館，2023.4）。

1. 〈臺灣北部地區史前文化概略〉，《臺灣風物》33.2（1983）：115-122。
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7. 劉益昌、臧振華、朱正宜，〈臺灣北海岸新發現的萬里加投遺址——兼述鄰近的龜子山遺址〉，《田野考古》1.1（1990）：27-36。
8. 〈臺東縣東河鄉漁橋、奇觀及新橋遺址〉，《田野考古》1.2（1990）：32-59。
9. 〈臺北縣金山鄉龜子山遺址出土的新資料〉，《田野考古》1.2（1990）：60-70。
10. 〈苗栗縣三義鄉三櫃地區史前遺址調查報告〉，《田野考古》2.2（1991）：73-91。
11. 〈臺北縣土城鄉土地公山、斬龍山遺址試掘報告〉，《田野考古》3.1（1992）：21-57。
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14. 劉益昌、潘常武，〈淡水鎮土地公崙遺址貝塚斷面處理報告〉，《田野考古》5.2(1997)：65-75。
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16. 〈台灣の先史文化及び南島民族：考古學の觀點〉，《東南アジア考古学》20（2000）：1-16。
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18. 劉益昌、郭素秋、戴瑞春，〈臺北市社子遺址試掘報告〉，《田野考古》7.1/2（2002）：45-82。
19. 劉益昌、臧振華、涂勤慧、M. Pietrusewsky，〈十三行遺址出土人骨初步報告〉，《北縣文化》70（2001）：18-22。
20. 劉益昌、臧振華、劭慶旺、M. Pietrusewsky，〈十三行人面貌復原工作過程〉，《北縣文化》70（2001）：23-28。
21. 〈牛罵頭遺址發掘與研究〉，《中縣文獻》10（2004.7）：23-49。
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24. 〈石璋如先生與臺灣考古學〉，《古今論衡》12（2005.3）：97-106。
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28. 劉益昌、王淑津，〈十七世紀前後臺灣煙草、煙斗與玻璃珠飾的輸入網絡：一個新的交換階段〉，《臺灣大學美術史研究集刊》22（2007.3）：51-82。
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43. 劉瑩三、王世忠、劉益昌，〈花蓮崇德遺址出土古玻璃珠科學分析的初步成果〉，《國立臺灣博物館學刊》67.1（2014.3）：53-69。
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7. 《新竹市志 土地志 史前遺址篇》新竹市志第五篇（新竹：新竹市政府，1996），頁350-376。
8. 〈臺灣的考古遺址〉，收入張炎憲等編，《臺灣史論文精選（上）》（臺北：玉山出版社，1996.9），頁29-42。
9. 劉益昌、潘英海，〈區域研究在平埔族群研究上的意義〉，收入劉益昌、潘英海編，《平埔族群的區域研究論文集》（南投：臺灣省文獻委員會，1998），頁1-4。
10. 〈再談臺灣北、東部地區的族群分佈〉，收入劉益昌、潘英海編，《平埔族群的區域研究論文集》（南投：臺灣省文獻委員會，1998），頁1-28。
11. 〈臺灣西南平原地區史前時代晚期文化的探討〉，收入鄧憲卿主編，臺灣省文獻委員會編，《臺灣原住民歷史文化學術研討會論文集》（南投：臺灣省文獻委員會，1998），頁1-22。
12. 〈人與土地的歷史——正視方志史部分〉，收入許雪姬、林玉茹編，《五十年來臺灣方志成果評估與未來發展學術研討會論文集》（臺北：中央研究院臺灣史研究所籌備處，1999），頁117-158。
13. 〈臺灣史的另類看法——考古學的觀點〉，收入廖英杰編，《「宜蘭研究」第三屆學術研討會論文集》（宜蘭：宜蘭縣立文化中心、宜蘭縣史館，2000），頁5-16。
14. 〈臺灣考古研究的課題與省思〉，《學術史與方法學的省思》，中央研究院歷史語言研究所會議論文集之六，（臺北：中央研究院歷史語言研究所，2000），頁249-262。
15. 〈考古學與平埔族群研究〉，收入詹素娟、潘英海主編，《平埔族群與臺灣歷史文化論文集》，（臺北：中央研究院臺灣史研究所籌備處，2001），頁186-203。
16. 〈臺灣史前文化層序研究的省思〉，收入宋文薰、李亦園、張光直主編，《石璋如院士百歲祝壽論文集》（臺北：南天書局，2002），頁349-362。
17. 〈臺灣玉器流行年代及其相關問題〉，收入臧振華主編，「第三屆國際漢學會議歷史組論文集」，《史前與古典文明》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，2003）。
18. 劉益昌、郭素秋、簡史朗，〈九二一震災後Lalu遺址發掘及其意義〉，收入林美容、丁仁傑、詹素娟主編，《災難與重建：九二一震災與社會文化重建研討會論文集》（臺北：中央研究院臺灣史研究所籌備處，2004），頁405-435。
19. 〈世紀考古學者張光直先生與臺灣考古學〉，收入胡健國主編，《20世紀臺灣歷史與人物——第六屆中華民國史專題論文集》（臺北：國史館，2002），頁81-107。
20. 〈臺灣的史前文化〉，收入戴寶村主編，《臺灣歷史的鏡與窗》（臺北：國家展望文教基金會，2002），頁11-20。
21. 〈費朗聚落的考古學初步研究〉，收入《族群意識與文化認同：平埔族群與臺灣社會大型研討會論文集》（臺北：中央研究院民族學研究所，2003）。
22. 〈大甲溪中游地區史前文化的探討〉，收入《臺中縣開發史學術研討會論文集》（清水：臺中縣文化局，2003），頁7-40。
23. 〈世變與傳承——史語所在臺灣的考古學研究〉，收入《中央研究院歷史語言研究所七十五週年紀念論文集》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，2004），頁73-87。
24. 〈臺灣玉器製造技術與研究方法的初步檢討〉，收入許倬雲、張忠培主編，《新世紀的考古學——文化、區位、生態的多元互動》（北京：紫禁城出版社，2006），頁471-496。
25. 〈第一章 史前歷史〉，收入吳翎君編纂，《續修花蓮縣志歷史篇》（花蓮：花蓮縣政府，2006）， 頁1-31。
26. 〈考古學研究所見人群互動關係與分布界線——以嘉南平原東側丘陵山地地區為例〉，收入葉春榮主編，《建構西拉雅2005臺南地區平埔族群學術研討會論文集》（新營：臺南縣政府，2006），頁39-60。
27. “The Earliest Austronesians and Their Movements Inside Taiwan: Settlement Patterns and Possible Forcing Factor (初期南島語族在臺灣島內的遷移活動:聚落模式以及可能的遷徒動力),” in Scarlett Chiu and Christophe Sand, eds., From Southeast Asia to the Pacific: Archaeological Perspectives on the Austronesian Expansion and the Lapita Cultural Complex (東南亞到太平洋)  (Taipei: Research Center for Humanities and Social Sciences, Academia Sinica. 2007), pp. 65-74.
28. Christophe Sand, Yi-Chang Liu and Scarlett Chiu, “What next? Pressing archaeological questions in Austronesian studies in Island Southeast Asia (下一步該往何處去？針對島嶼東南亞的南島語族研究提出相關考古議題),” in Scarlett Chiu and Christophe Sand, eds., From Southeast Asia to the Pacific: Archaeological Perspectives on the Austronesian Expansion and the Lapita Cultural Complex (東南亞到太平洋)  (Taipei: Research Center for Humanities and Social Sciences, Academia Sinica. 2007), pp. 283-291.
29. 〈導讀二　南瀛研究的特色與意義〉，收入林玉茹、Fiorella Allio (艾茉莉)主編，《南瀛的歷史、社會與文化》（新營：臺南縣政府，2008），頁xi-xvi。
30. 〈蔦松文化與西拉雅關係考古學研究的檢討〉，收入林玉茹、Fiorella Allio (艾茉莉)主編，《南瀛的歷史、社會與文化》（新營：臺南縣政府，2008），頁389-407。
31. 〈劉斌雄先生與臺灣考古學〉，收入林美容、郭佩宜、黃智慧主編，《劉斌雄先生紀念論文集》（臺北：中央研究院民族學研究所，2008），頁425-444。
32. 〈從西寮遺址發掘談蔦松文化的聚落〉，收入葉春榮主編，《再現西拉雅研討會論文集》（臺南：臺南縣政府，2008），頁15-40。
33. 〈史前時期的美感〉，收入劉益昌、高業榮、傅朝卿、蕭瓊瑞共著，《臺灣美術史綱》（臺北：藝術家雜誌社，2009），頁26-67。
34. 〈從考古學研究談水沙連區域的形成〉，收入潘英海、劉益昌主編，《劉枝萬先生與水沙連區域研究》（南投：國立暨南國暨大學人類學研究所出版，2010）。
35. 〈臺灣出土的早期玉器及相關問題〉，《東南考古研究》第四輯（廈門：廈門大學出版社，2010），頁170-184。
36. 〈清代機器局遺址（臺北工場）考古發掘〉，收入張崑振主編，《歷史記憶的真實：市定古蹟臺北工場遷移暨機器局考古挖掘工程研討會論文集》（臺北：臺灣博物館，2010），頁29-47。
37. 〈臺灣考古學研究歷史建築的過程與方法學檢討〉，收入黃俊銘主編，《建築考古的方法學國際研討會論文集》（臺北：臺灣博物館，2010），頁9-30。
38. 〈17世紀の台湾——ゼーランディア城の發掘成果から〉，收入菊池誠一、阿部百里子編，《海の道と考古學》（東京：高志書院，2010），頁173-193。
39. 〈十五份遺址：一段學術史的議題〉，收入周述蓉主編，《十五份遺址學術研討會論文集》（臺北：臺北市文山社區大學、臺北市社區大學民間促進會，2010），頁130-136。
40. 〈走出客家的胡同／困境〉，收入陳瑛珣主編，《大埔客家文化研究：石岡鄉第一至四屆大埔客家文化學術研討會論文選集》（臺中：臺中縣石岡鄉公所、石岡鄉民代表會，2010），頁1-15。
41. 〈台灣海峽早期人群互動關係之研究—重讀張光直先生論點〉，收入臧振華、陳仲玉編，《2011馬祖研究：馬祖列島與海洋環境文化》（連江縣南竿鄉：連江縣政府，2011），頁109-124。
42. 〈從長時間發展過程談台江的概念與人文意涵〉，《黑面琵鷺與沿海濕地保育國際研討會論文集》（南投：行政院農業委員會特有生物研究保育中心，2011），頁176-178。
43. 劉益昌、王淑津，〈十七世紀台灣に輸入された喫煙文化―考古學による予備的考察〉，收入《VOCと日蘭交流―VOC遺跡の調查と嗜好品》（東京：たばこと塩の博物館，2012）。
44. Chih-Hua Chiang and Yi-Chang Liu, “Mapping Prehistoric Building Structures by Visualising Archaeological Dataand Applying Spatial Statistics: a Case Study from Taiwan,” in Mingquan Zhou, Iza Romanowska, Zhongke Wu, Pengfei Xu and Philip Verhagen, eds., Revive the Past--Proceeding of the 39th Annual Conference of Computer Applications and Quantitative Methods in Archaeology (CAA), Beijing, China, 12-16 April 2011. (Amsterdam University Press, 2012), pp. 296-307.
45. Chin-hsing Liu, John Krigbaum, Chenghwa Tsang and Yi-chang Liu, “A Palaeohealth Assessment of the Shih-san-hang Site from Neolithic Taiwan,” in Kate Pachenkina and Marc Oxenham eds., Bioarchaeology of East Asia: Movement, Contact, Health (Gainesville: University Press of Florida, 2013), pp. 417-443.
46. 〈大馬璘文化的研究及其相關問題〉，收入陳光祖主編，《張光直先生逝世十週年紀念論文集．東亞考古學的再思》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，2013），頁83-107。
47. 〈臺灣史前時代玉器製造與資源控制〉，收入陳光祖、臧振華編，《第四屆國際漢學會議論文集．東亞考古的新發現》（臺北：中央研究院，2013），頁199-237。
48. 〈聚落選擇與災變：從二○○九年莫拉克災區楠梓仙溪流域考古遺址分布談起〉，收入邱斯嘉、臧振華主編，《考古學與永續發展研究》（臺北：中央研究院人文社會科學研究中心考古學研究專題中心，2013.12），頁261-272。英文譯稿：“Choice of Settlement Locations and Natural Disaster: Indigenous Distributional Patterns Based on Archaeological Evidence of the Nanzixian River Catchment, Taiwan,” in Scarlett Chiu and Cheng-hwa Tsang eds., Archaeology and Sustainability. Taipei: Center for Archaeological Studies, Research Center of Humanities and Social Sciences, Academia Sinica, 2013, pp. 273-297.
49. 〈重讀「臺灣風土」〉，收入陳奇祿主編，《臺灣風土》第二冊「考古與原住民之部（臺南：臺南市政府文化局，2013），頁193-203。
50. Chih-hua Chiang and Yi-Chang Liu, “The Sacred Houses in Neolithic Wansan Society,” in Claudia Moser and Cecelia Feldman eds., Locating the Sacred: Theoretical Approaches to the Emplacement of Religion (Joukowsky Institute Publication Series no. 6.; Brown University, Oxford and Oakville: Oxbow Books, 2014), pp. 128-143.
51. 〈考古遺址所見的宗教儀式行為：以西寮遺址出土遺跡為例〉，收入葉春榮主編，《南瀛歷史、社會與文化III變遷中的南瀛宗教》（台南：台南市政府文化局，2014.10），頁295-316。
52. 〈前言〉，收入劉益昌等編著，國家教育研究院主編，《永續社會系列：文化保存－永續發展教育系列叢書08》（臺北：五南圖書出版有限公司，2014.12）。
53. 〈第一章　文化的多樣性與保存〉，劉益昌等編著，國家教育研究院主編，《永續社會系列：文化保存－永續發展教育系列叢書08》（臺北：五南圖書出版有限公司，2014.12），頁1-27。
54. 〈第二章　過去的文化及其保存〉，劉益昌等編著，國家教育研究院主編，《永續社會系列：文化保存－永續發展教育系列叢書08》（臺北：五南圖書出版有限公司出版發行，2014.12），頁29-58。
55. 〈結語　文化保存的意義與實踐〉，劉益昌等編著，國家教育研究院主編，《永續社會系列：文化保存－永續發展教育系列叢書08》（臺北：五南圖書出版有限公司，2014.12），頁222-235。
56. 〈考古遺址所見的宗教儀式行為：以西寮遺址出土遺跡為例〉，葉春榮主編，《南瀛歷史、社會與文化III　變遷中的南瀛宗教》，（台南：台南市政府文化局，2014.10），頁295-316。
57. 〈從考古學研究談水沙連區域的形成〉，收入潘英海主編，《劉枝萬與水沙連區域研究》（新北：華藝學術出版社，2014.10），頁115-145。
58. 〈考古學視野的台灣歷史〉，林淑蓉、陳中民、陳瑪玲編，《重讀臺灣：人類學的視野——百年人類學回顧與前瞻》（新竹：國立清華大學出版社，2014.12），頁21-47。
59. 〈導論：臺灣考古學近年研究及意義〉，收入劉益昌編，《台灣史前史專論》（臺北：中央研究院、聯經出版公司，2015），頁1-58。
60. 〈玉器的交換體系研究：製造與資源控制〉，收入劉益昌編，《台灣史前史專論》（臺北：中央研究院、聯經出版公司，2015），頁83-112。
61. 〈從史前文化發展過程談原住民分布與構成〉，收入洪麗完編，《考古歷史與原住民》（臺北：順益臺灣原住民博物館，2016），頁73-107。
62. Yi-chang Liu and Wang Su-chin, “Encountering the Wider World before the Transition to History: Chinese Ceramics in Proto-historic Taiwan (10th–16th centuries),” Historical Archaeology of Early Modern Colonialism in Asia-Pacific (Gainesville, FL.: University Press of Florida, 2017), vol. I: The Southwest Pacific and Oceanian Regions, pp. 270-312.
63. 〈存在他者記憶的人群--Favorlang〉，收入陳玉美、郭素秋主編，《地下與地上的對話：十七世紀的台灣與周遭》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，2017），頁89-126。
64. 〈從歷史書寫的角度談平埔的重要性〉，收入林清財、浦忠成主編，《返來做番：原住民族的復振與正名》（臺北：斑馬線文庫有限公司，2017），頁3-18。
65. 〈從台灣出發的海上南島玉路〉，《台灣親海文化的主權國家》第三屆海洋國家永續發展論壇專書（基隆市：財團法人海洋台灣文教基金會，2018），頁32-44。
66. 劉益昌、趙金勇，〈第二篇　花岡山考古遺址〉，《臺灣考古發掘報告精選2006-2016》（臺中：文化部文化資產局，2018），頁53-176。
67. 劉益昌、顏廷伃、王淑津、林美智，〈第四篇　左營舊城考古遺址〉，《臺灣考古發掘報告精選2006-2016》（臺中：文化部文化資產局，2018），頁245-331。
68. 〈從台灣出發的海上南島玉路〉，《台灣親海文化的主權國家》，第三屆海洋國家永續發展論壇專書（基隆市：財團法人海洋台灣文教基金會，2018），頁32-44。
69. “Maritime Transportation and Harbors in Ancient Taiwan.”，《港市・交流・陶磁器 東南アジア考古学研究》（東京：雄山閣，2021），頁229-316。
70. “Interactions and Migrations between Taiwan and the Philippines from the Neolithic to the Early Metal Age.” Taiwan Maritime Landscapes from Neolithic to Early Modern Times. (Paris, Fr.: Ecole francaise d'Extreme-Orient, 2022), pp.135-150.
71. “Taiwan Prehistorie Maritime Trade Networks and their Impacts.” Taiwan Maritime Landscapes from Neolithic to Early Modern Times. (Paris, Fr.: Ecole francaise d'Extreme-Orient, 2022), pp.65-86.
72. 〈史前文化〉，《臺灣文化關鍵詞101》（新北：國家臺灣圖書館， 2023.12），頁112-114。
73. 〈考古遺址與部落歷史〉，《原住民族部落歷史研究理論與實踐上冊》（新北：原住民族委員會／南投：國史館臺灣文獻館， 2024.03），頁63-108。

1. 臧振華、劉益昌，《臺灣考古學研究書目》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，1992）。
2. 宋文薰、尹建中、黃士強、連照美、臧振華、陳仲玉、劉益昌，《臺灣地區重要考古遺址初步評估第一階段評估報告》（臺北：中國民族學會，1992）。
3. 黃士強、臧振華、陳仲玉、劉益昌，《臺閩地區考古遺址普查研究計畫第一期研究報告》（臺北：中國民族學會，1993）。
4. 臧振華、陳仲玉、劉益昌，《臺閩地區考古遺址普查研究計畫第二期研究報告》（臺北：中國民族學會，1994）。
5. 臧振華、陳仲玉、劉益昌等，《臺閩地區考古遺址普查研究計畫第三期研究報告》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，1995）。
6. 《臺灣研究網路化——臺灣考古部份》（臺北：中央研究院臺灣史研究所籌備處，1996-2001）。
7. 劉益昌、潘英海編，《平埔族群的區域研究論文集》（南投：臺灣省文獻委員會，1998）。
8. 劉益昌、潘常武、顏廷伃、陳俊男、林美智、許理清，《臺東縣史前遺址——海岸山脈東側與綠島》，臺東縣政府委託中央研究院歷史語言研究之研究報告（臺東：臺東縣政府，2000）。
9. 溫振華、劉益昌編，《臺中縣清水牛罵頭遺址地域資料蒐集研究計畫期末報告》（清水：臺中縣文化局，2001）。
10. 劉益昌、王巨中、陳隆智、陳惠君，《十三行博物館展示單元細部內容文字、圖像資料建立專案報告》，臺北縣立十三行博物館籌備處委託中央研究院歷史語言研究所之研究報告（臺北縣：臺北縣立十三行博物館籌備處，2001）。
11. 陳仲玉、劉益昌，《臺閩地區考古遺址普查研究計畫第六年年度報告》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，2001）。
12. 劉益昌、陳俊男、顏廷伃、林美智、藍敏菁、陳思嘉、陳雪卿、陳惠君、蕾娃慕秋，《臺東縣史前遺址——臺東平原以南與蘭嶼地區》，臺東縣政府委託中央研究院歷史語言研究之研究報告（臺東：臺東縣政府，2002）。
13. 劉益昌、林美智、陳惠君、潘常武，《十三行博物館展示相關考古探坑發掘暨考古出土現象製作計畫報告》，臺北縣立十三行博物館籌備處委託中央研究院歷史語言研究所之研究報告（臺北縣：臺北縣立十三行博物館籌備處，2002）。
14. 潘朝成、劉益昌、施正鋒編，《臺灣平埔族》（臺北：前衛出版社，2003）。
15. 劉益昌編審，《黑狗大風——上古甦醒的島嶼傳說》（臺北：行政院國家科學委員會，2006）。
16. 劉益昌、趙金勇、王嵩山、林會承、林修澈、李台元編著，國家教育研究院主編，《永續社會系列：文化保存－永續發展教育系列叢書08》（台北：五南圖書出版有限公司出版發行，2014.12）。
17. 劉益昌主編，《台灣史前史專論》，（台北：中央研究院、聯經出版公司，2015.12）。

1. 〈臺北盆地考古遺址分佈及其意義〉，發表於「臺灣之第四紀第四次研討會」（臺北：中國地質學會，1992）。
2. 〈臺灣史前文化層序研究的省思〉，發表於「臺灣考古百年紀念研討會」（臺北：中央研究院歷史語言研究所，1996.6.15-16）。
3. 〈芝山岩遺址1995-1996年的新發現〉，發表於「臺灣考古百年紀念研討會」（臺北：中央研究院歷史語言研究所，1996.6.15-16）。
4. 〈雪霸國家公園人文史蹟調查及其意義〉，收入《中臺灣自然保育研討會論文集》（臺中：內政部營建署雪霸國家公園管理處，1997）。
5. “Prehistory and Austronesian in Taiwan: An Archaeological Perspective,” paper presented in the Conference on Austronesian Studies in Taiwan--Retrospect and Prospect (Berkeley: The Phoebe Hearst Museum of Anthropology, University of Colifornia , October 27-28, 1997).
6. 〈立霧溪流域史前族群關係〉，發表於「族群互動與泰雅族文化變遷學術研討會」（花蓮：國立臺灣博物館、中國民族學會，2000.7.28-30），頁209-227。
7. 〈臺灣中部地區史前晚期文化的檢討〉，收入《中臺灣鄉土文化學術研討會論文集》（臺中：臺中市文化局，2000.9.14-15），頁17-39。
8. 〈上沙崙考古遺址發掘現況〉，發表於「竹塹生命史研討會」（新竹：新竹市政府主辦，2000.10.20-21），頁7-15。
9. 〈圓山文化年代檢討——兼論臺北盆地史前文化變遷〉，收入《北臺灣鄉土文化學術研討會論文集》（臺北：政治大學歷史系，2000.10.14-15），頁71-112。
10. 〈東部地區史前文化層序之檢討〉，發表於「臺東縣後山文化學術研討會」（臺東：臺東縣文化局，2000.10.15-16），頁65-103。
11. 〈臺灣北部新辨認的訊塘埔文化〉，發表於「珠江三角洲與臺灣地區考古——近年來的新發掘和新評估研究會」（臺北：中研院歷史語言研究所東南亞考古研究室，2001.6.8），頁1-22。
12. 〈雲林史前文化初探〉，發表於「第一屆雲林研究學術研討會」（斗六：雲林縣社區希望聯盟協進會、雲林科技大學文化資產維護研究所，2001.7.7-8），頁1-19。
13. 〈二千年來古環境——臺北盆地考古記錄〉，發表於「二千年來古氣候及環境變遷討論會」（臺北：臺灣大學全球變遷中心，2002.3.2）。
14. 劉聰桂、臧振華、劉益昌，〈全新世開始以來臺北縣八里海岸平原的沈積環境〉，發表於「臺灣之第四紀第九次研討會論文集」（臺北：中國地質學會第四紀研究會，2002.11.22-23）。
15. 劉瑩三、劉益昌，〈臺灣東部考古遺址出土玉器╱玉料來源之初步研究〉，發表於「2002年臺灣的考古學研究學術研討會」（臺北：中央研究院歷史語言研究所，2002.12.9-10）。
16. 藍敏菁、劉益昌，〈金門后豐港遺址的試掘結果及其意義〉，發表於「2002年臺灣的考古學研究學術研討會」（臺北：中央研究院歷史語言研究所，2002.12.9-10）。
17. 〈臺灣玉器製造技術與研究方法的初步檢討〉，發表於「新世紀的考古學——文化、區位、生態的多元互動學術研討會」（臺北：中央研究院歷史語言研究所，2003.10.23）。
18. 〈考古學研究專題中心成立的宗旨與展望〉，發表於「臺灣考古學的研究趨勢學術研討會」（臺北：中央研究院蔡元培人文社會科學研究中心，2003.11.7）。
19. 〈考古學在文化資產研究的角色〉，發表於「臺灣考古學的研究趨勢學術研討會」（臺北：中央研究院蔡元培人文社會科學研究中心，2003.11.7）。
20. 劉益昌、謝明良、顏廷伃、王淑津，〈熱蘭遮城遺址出土之歐洲瓷器〉，發表於「臺灣地區出土瓷器資料研究論文發表會」（臺北：中央研究院蔡元培人文社會科學研究中心，2003.11.29）。
21. 〈臺南縣麻豆鎮水堀頭遺址試掘及其意義〉，發表於「倒風內海研究學術研討會」（麻豆，真理大學麻豆校區：臺南縣文化局主辦，2003.12.13-14）。
22. 〈考古遺址與出土遺物的詮釋——以臺灣為例〉，發表於「第八屆中華文明二十一世紀新意義研討會——文物收藏、文化遺產與歷史解釋」（臺北，故宮博物院，2004.4.3-5）。
23. 〈澎湖早期人類活動——以地質資源和人類關連為主〉，《澎湖永續發展經營管理研討會地質公園設置與推動論文集》（馬公，澎湖技術學院；國立臺灣大學、澎湖技術學院主辦，2004.6.12-13）。
24. 劉益昌、鍾國風、陳俊男、鄭德端，〈花蓮縣黃麻遺址發掘簡報〉，發表於「2004年臺灣考古工作會報」（臺北，中央研究院人文社會科學研究中心考古學研究專題中心，2004.12.4-5）。
25. 劉益昌、劉瑩三、顏廷伃，〈清水三遺址的新近發掘與初步成果簡報〉，發表於「2004年臺灣考古工作會報」（臺北，中央研究院人文社會科學研究中心考古學研究專題中心，2004.12.4-5）。
26. 劉益昌、李德河、王淑津、顏廷伃、榮芳杰、許朝景、蘇全正，〈左營舊城考古工作的文化資產意義〉，發表於「2004年臺灣考古工作會報」（臺北，中央研究院人文社會科學研究中心考古學研究專題中心，2004.12.4-5）。
27. 劉益昌、簡史朗，〈埔里盆地及周緣地區調查概報〉，發表於「2004年臺灣考古工作會報」（臺北，中央研究院人文社會科學研究中心考古學研究專題中心，2004.12.4-5）。
28. “The Earliest Austronesians and their movements inside Taiwan,”　發表於「2005年Lapita圓桌會議」（臺北，中央研究院人文社會科學研究中心考古學研究專題中心，2005.6.5-6）。
29. 〈西拉雅人的考古學研究〉，發表於「第一屆南瀛學國際學術研討會」（第一屆南瀛學國際學術研討會籌備委員會主辦；尖山埤江南渡假村，2005.10.15-16）。
30. 王淑津、劉益昌，〈十七世紀前後臺灣玻璃珠飾與煙草、煙斗的輸入網路：一個新的交換階段〉，發表於「臺灣地區外來物質：珠子與玻璃環玦形器研討會」（臺北，中央研究院歷史語言研究所，2005.10.22-23）。
31. 〈從玉器到玻璃、瑪瑙：臺灣史前裝飾器物的變遷〉，發表於「臺灣地區外來物質：珠子與玻璃環玦形器研討會」（臺北，中央研究院歷史語言研究所，2005.10.22-23）。
32. 劉益昌、郭素秋，〈金門復國墩遺存在亞洲大陸東南沿海的地位及其意義〉，發表於「中國東南沿海島嶼考古學研討會」（連江縣政府文化局與中央研究院人文社會科學研究中心考古學研究專題中心共同舉辦，2005.10.29-30）。
33. 劉瑩三、劉益昌，〈顯微拉曼光譜應用在陶片礦物成分分析初探〉，發表於「2005年臺灣考古工作會報」（臺東：國立臺灣史前文化博物館，2006.3.4-5）。
34. 林淑芬、劉益昌、曾宏民、李佳瑜、盧瑞櫻，〈嘉義縣故宮南院地質考古概要〉，發表於「2005年臺灣考古工作會報」（臺東：國立臺灣史前文化博物館，2006.3.4-5）。
35. 劉益昌、顏廷伃、王淑津、鍾國風、林美智，〈熱蘭遮城遺址發掘及其意義：歷史時期遺址考古發掘地層分析的初步討論〉，發表於「2005年臺灣考古工作會報」（臺東：國立臺灣史前文化博物館，2006.3.4-5）。
36. Chiu, Scarlett and Yi-chang Liu,“Technical style: a multimethodic approach to look at Austronesian expansions,” paper presented in the 18th Congress Indo-Pacific Prehistory Association (Manila: National Museum and University of the Philippines Archaeological Studies Program, 2006.3.20-26)
37. 〈地理信息系統(Geological Information System, GIS)在臺灣考古學研究的發展：一個考古學者的觀點〉，發表於「第四屆兩岸三院信息技術應用與交流研討會」（中國科學院計算機網絡信息中心、社科院計算機網絡中心、本院計算中心合辦，2006.9.2）。
38. 〈臺灣考古學與原住民研究〉，發表於「原住民與大學（原住民與大學教學的互動關係）學術研討會」（日本：北海道大學主辦，2006.12.16-21）。
39. 劉益昌、鍾亦興、顏廷伃，〈臺北縣訊塘埔遺址發掘報告概要〉，發表於「2006年臺灣考古工作會報」（臺中：國立自然科學博物館，2007.5.5-6）。
40. 劉益昌、劉瑩三、鍾亦興，〈訊塘埔文化塗紅陶器之研究〉，發表於「2006年臺灣考古工作會報」（臺中：國立自然科學博物館，2007.5.5-6）。
41. 劉益昌、曾宏民、李佳瑜，〈番仔園文化的檢討〉，發表於「2006年臺灣考古工作會報」（臺中：國立自然科學博物館，2007.5.5-6）。
42. 劉益昌、西寮遺址發掘工作團隊，〈臺南縣西寮遺址發掘工作概報（2006年）〉，發表於「2006年臺灣考古工作會報」（臺中：國立自然科學博物館，2007.5.5-6）。
43. 劉益昌、王淑津、顏廷伃、鍾國風，〈熱蘭遮城遺址出土十七世紀中國與日本瓷器〉，發表於「2006年臺灣考古工作會報」（臺中：國立自然科學博物館，2007.5.5-6）。
44. 〈考古數位典藏成果與地理資訊之整合應用〉，發表於「2007年臺灣地理資訊學會年會暨學術研討會」（臺灣地理資訊學會主辦，於嘉南藥理科技大學國際會議中心舉行，2007.10.11-12）。
45. 〈臺灣考古資料的保存與數位化〉，發表於「第五屆兩岸三院資訊技術交流與數位資源共享研討會」（臺北：中央研究院計算中心，2007.10.15-17）。
46. 劉益昌、鍾國風、王淑津、顏廷伃，“The Spatial and temporal relations between stratigraphy, features and artifacts found in the 17th century strata in the Zeelandia site”，發表於「海域物質文化交流：十六至十八世紀歐洲與東亞、東南亞的文化互動」國際研討會（臺北：中央研究院歷史語言研究所、中央研究院人社中心考古學研究專題中心，2007.10.31-11.2）。
47. 〈臺灣出土的早期玉器及相關問題〉，發表於「第四屆南中國及鄰近地區古文化研究」研討會（香港中文大學「中國考古藝術研究中心」，2007.11.20-11.23）。
48. 劉益昌、顏廷伃，〈從西寮遺址發掘談蔦松文化的聚落形態〉，發表於「再現西拉雅-2007臺南地區平埔族群學術研討會」研討會（臺南縣政府文化局舉辦，中央研究院民族學研究所、臺南縣政府南區服務中心協辦，2007.11.24）。
49. 劉益昌、鍾國風，〈水堀頭遺址的發掘與意義〉，發表於「環臺灣地區考古學國際研討會暨2007年度臺灣考古工作會報」（臺北：國立臺灣大學人類學系，2008.5.10）。
50. 〈反省與思考：臺灣考古學與文化資產研究〉，發表於「環臺灣地區考古學國際研討會暨2007年度臺灣考古工作會報」（臺北：國立臺灣大學人類學系，2008.5.10）。
51. 劉益昌、王淑津，〈崇德遺址的研究：議題回顧與展望〉，發表於「環臺灣地區考古學國際研討會暨2007年度臺灣考古工作會報」（臺北：國立臺灣大學人類學系，2008.5.10）。
52. 劉益昌、林淑芬、王淑津，〈由花蓮崇德遺址出土陶片之切片分析所得到的新認識〉，發表於「環臺灣地區考古學國際研討會暨2007年度臺灣考古工作會報」（臺北：國立臺灣大學人類學系，2008.5.10）。
53. 〈臺灣歷史考古學研究過程與方法學的檢討〉，發表於「2008年臺灣博物館建築考古的方法學國際研討會」（臺北：國立臺灣博物館，2008.7.12）。
54. 〈台灣の先史文化〉，發表於「日本土井ケ浜博物館研討會——人類學博物館開館15周年紀念講演」（日本土井ヶ浜博物館，2008.9.6）。
55. 〈南瀛研究的考古學觀點〉，發表於「第二屆南瀛研究國際學術研討會」專題演講（臺南：臺南大學臺灣文化研究所，2008.10.18）。
56. 〈從考古學研究談水沙連區域的形成〉，發表於「2008年水沙連區域研究學術研討會」（埔里：暨南大學人類學研究所，2008.10.18）。
57. 王淑津、劉益昌，〈大坌坑遺址出土十二至十七世紀外來陶瓷器〉，發表於「2008年臺灣考古工作會報」（臺北：中央研究院歷史語言研究所，2009.3.28-29）。
58. 顏廷伃、劉益昌，〈從臺南縣曾文溪以北區域遺址普查的成果探討文化類型及區域分布等問題〉，發表於「2008年臺灣考古工作會報」（臺北：中央研究院歷史語言研究所，2009.3.28-29）。
59. 林淑芬、劉益昌，〈臺南西寮遺址的古環境初探〉，發表於「2008年臺灣考古工作會報」（臺北：中央研究院歷史語言研究所，2009.3.28-29）。
60. 〈臺灣出土玉器的系譜〉，發表於「海峽兩岸史前文化交流——史前玉石飾物作坊探索」（香港中文大學中國考古藝術研究中心、中央研究院歷史語言研究所及香港中文大學—蔣經國基金會亞太漢學中心合辦，2009.5.9）。
61. 〈臺灣史前玉器系譜—器型篇〉，發表於「海峽兩岸傳統文化及玉器研究研討會」（香港中文大學，2009.8.2-6）。
62. “Taiwan in the 17th century—revealed from the excavation of the Fort Zeelandia”，發表於「『べトナム‧ホイアンとアジア海域交流』國際學術研討會」（日本昭和女子大學主辦，越南河內舉行，2009.8.13-19）。
63. 〈桃竹苗沿山區域人群互動與邊界：從史前到近代初期〉，發表於「沿山地區聚落與族群研討會」（臺北：中央研究院臺灣史研究所，2009.12.12）。
64. 劉俊昱、劉益昌，〈臺北機器局發掘概報〉，發表於「2009年度臺灣考古工作會報」（臺北：中央研究院人文社會科學中心考古學研究專題中心；中央研究院歷史語言研究所、國立臺灣史前文化博物館、國立自然科學博物館、國立臺灣大學人類學系，2010.3.19-20）。
65. 坂井隆、劉俊昱、劉益昌，〈植物園遺址近現代窯址發掘簡報〉，發表於「2009年度 臺灣考古工作會報」（臺北：中央研究院人文社會科學中心考古學研究專題中心；中央研究院歷史語言研究所、國立臺灣史前文化博物館、國立自然科學博物館、國立臺灣大學人類學系，2010.3.19-20）。
66. 劉瑩三、劉益昌，〈臺灣北部地區訊塘埔文化塗紅陶器的拉曼分析研究〉，發表於「2009年度臺灣考古工作會報」（臺北：中央研究院人文社會科學中心考古學研究專題中心；中央研究院歷史語言研究所、國立臺灣史前文化博物館、國立自然科學博物館、國立臺灣大學人類學系，2010.3.19-20）。
67. 劉益昌、鍾國風，〈臺灣東部出土灰黑陶的初步討論與延伸觀察〉，發表於「2009年度臺灣考古工作會報」（臺北：中央研究院人文社會科學中心考古學研究專題中心；中央研究院歷史語言研究所、國立臺灣史前文化博物館、國立自然科學博物館、國立臺灣大學人類學系，2010.3.19-20）。
68. 劉益昌、鍾國風，〈從水璉遺址的研究思考阿美族民族考古學的可行性——以 diwas祭壺為例〉，發表於「2009年度臺灣考古工作會報」（臺北：中央研究院人文社會科學中心考古學研究專題中心；中央研究院歷史語言研究所、國立臺灣史前文化博物館、國立自然科學博物館、國立臺灣大學人類學系，2010.3.19-20）。
69. 劉益昌、顏廷伃，〈臺南縣麻豆鎮前班遺址考古試掘簡報〉，發表於「2009年度臺灣 考古工作會報」（臺北：中央研究院人文社會科學中心考古學研究專題中心；中央研究院歷史語言研究所、國立臺灣史前文化博物館、國立自然科學博物館、國立臺灣大學人類學系，2010.3.19-20）。
70. 〈談自然類型國家公園的人文史蹟〉，發表於「2010年國家公園解說策略與願景研討會」（太魯閣國家公園管理處主辦，2010.09.02）。
71. 〈族群關係的時間深度—以水沙連為例〉，發表於「沿山研究系列演講暨沿山地區族群關係與宗教信仰變遷論壇」（高雄：高雄師範大學臺灣文化及語言研究所，2010.10.02）。
72. 〈越南Sa-Hyunh文化時期的臺灣及其相關問題〉，發表於“Commemorating the Tenth Anniversary of Hoi An World Heritage Site International Symposium on Hoi An, Vietnam”國際研討會（日本昭和女子大學主辦，2010.12.4）。
73. 〈從長時限發展過程談臺江的概念與人文意涵〉，發表於「2011黑面琵鷺與沿海濕地保育國際研討會」（臺南：臺江國家公園管理處，2011.4.8）。
74. 〈西寮遺址發掘（2006-2010）報告概要〉，發表於「2010年度臺灣考古工作會報」（臺東：國立臺灣史前文化博物館，2011.5.28-30）。
75. 〈從西寮遺址所見再思大湖文化〉，發表於「2010年度臺灣考古工作會報」（臺東：國立臺灣史前文化博物館，2011.5.28-30）。
76. 劉益昌、趙金勇、鍾國風，〈花岡山遺址的史前石煮法遺跡〉，發表於「2010年度臺灣考古工作會報」（臺東：國立臺灣史前文化博物館，2011.5.28-30）。
77. 劉益昌、趙金勇、鍾國風，〈一個新考古文化類型之提議：金屬器時代早期「花岡山遺址上層文化類型」〉，發表於「2010年度臺灣考古工作會報」（臺東：國立臺灣史前文化博物館，2011.5.28-30）。
78. 〈Basay人群與生業型態形成的再思考〉，發表於「2011年族群歷史與地域學術研討會」（臺北：中央研院臺灣史研究所，2011.9.23）。
79. 〈城市生命史的考古學視野〉，發表於「城市的昨日、今日、明日：城市中的文化資產保存與發展研討會」（新北市：新北市政府文化局、新北市立十三行博物館，2011.9.23）。
80. 〈水沙連地區人群構成的考古學研究——以大馬璘遺址研究為例〉，發表於「南投縣平埔族群社會與文化研討會」（埔里：國立暨南國際大學人類學研究所，2011.10.13-14）。
81. 〈臺灣史前玉器研究的回顧與前瞻〉，發表於「2011臺灣花東地區玉石藝術季——兩岸原住民玉石文化學術研討會」（花蓮縣兩岸少數民族玉石文化促進會，2011.10.25）。
82. 〈考古學視野的臺灣歷史〉，發表於「重讀臺灣：百年人類學的回顧與前瞻學術研討會」（臺北：臺灣人類學與民族學學會，2011.11.18-19）。
83. 劉益昌、呂登元，〈臺江國家公園歷史與人文意涵〉，發表於「第十七屆海峽兩岸國家公園暨保護區研討會」（中華民國國家公園學會主辦、雪霸國家公園管理處承辦，2011.11.24）。
84. 〈存在他者記憶的人群－Favorlang？〉，發表於「地下與地上的對話——歷史考古學研討會」（臺北：中央研究院歷史語言研究所，2011.12.17-18）。
85. 〈考古學研究建構的原史時代臺灣史〉，發表於「第一屆臺灣研究世界大會」（臺北：中央研究院，2012.4.26-28）。
86. 〈台灣史前黑陶互動關係體系的初步研究〉，發表於「古代交換與殖民模式的跨地域比對」國際學術研討會（中央研究院人文社會科學研究中心考古學研究專題中心、Institute of Archaeology of New Caledonia and the Pacific, New Caledonia主辦，2012.9.1-9.3）。
87. 〈臺北盆地史前文化與環境變遷〉，發表於「大臺北地區防災地質研討會」（臺北：經濟部中央地質調查所，2012.9.13-14）。
88. 〈考古遺址所見的人類宗教行為：以西寮遺址的發掘研究為例〉，發表於「第三屆南瀛研究國際學術研討會—變遷中的南瀛宗教」（臺南：南瀛國際人文社會科學研究中心，2012.10.20-21）。
89. 〈新北市龜子山遺址發掘概報〉，發表於「2011-2012年臺灣考古工作會報研討會」（國立自然科學博物館、國立暨南國際大學人類學研究所主辦，2012.12.1-3）。
90. 〈當前臺灣考古遺址管理維護的問題與解決方法〉，發表於「文化遺產的法制與管理－第四屆海峽兩岸文化遺產保護論壇」（臺北：財團法人沈春池文教基金會，2012.12.3-4）。
91. 〈東台灣海域人群互動與交流--以玉器為中心〉，發表於「臺灣與亞洲：與福建文化的交流為中心國際學術研討會」（臺北：國立台灣大學藝術史研究所，2012.12-14-15）。
92. 〈臺灣舊石器時代製造技術研究的一些思考〉，發表於「八仙洞國定遺址保護與研究國際學術研討會」（文化部文化資產局、臺東縣政府、中央研究院歷史語言研究所主辦；臺東：國立臺灣史前文化博物館，2013.3.29-30）。
93. 〈Favorlang 到 Babuza－從十七世紀到二十世紀〉，發表於「原住民與少數民族：概念、政策與現實學術研討會」（臺中：國立中興大學文學院，2013.4.20）。
94. 〈遺址保存的意義〉，「考古與遺產地管理－第五屆海峽兩岸有形文化資產論壇」，財團法人沈春池文教基金會主辦，台北，2013.11.4-5。
95. 〈營埔文化研究的再思考〉，「宋文薰教授九秩華誕慶祝學術論壇」，國立臺灣大學人類系主辦，2014.3.21。
96. 劉益昌、趙金勇，〈花岡山遺址2012年發掘概報〉，「宋文薰教授九秩華誕慶祝活動暨2013年度臺灣考古工作會報」，國立臺灣大學人類系主辦，2014.3.23。
97. 〈考古學與地質學共同研究的展望〉，「中華民國地質學會與中華民國地球物理學會103 年年會暨學術研討會」，東華大學自然資源系、中華民國地質學會、中華民國地球物理學會聯合舉辦，2014.5.14-15。
98. 〈漢本遺址及發掘的意義〉，「第一屆蘇花改工程技術論壇」，交通部公路總局蘇花公路改善工程處主辦，2014.9.10。
99. 〈從史前文化談原住民聚落分布與文化構成〉，「2014年台灣原住民族國際學術研討會」，中央研究院民族學研究所、原住民族委員會、順益台灣原住民博物館主辦，2014.9.15-17。
100. 〈從歷史書寫的角度談平埔的重要性〉，「原住民‧平埔族群語言文化復振研討會」，行政院原住民族委員會主辦，2014.12.4-12.6。
101. 劉益昌、趙金勇、鍾國風，〈從花岡山遺址2014考古試掘談斜坡堆積的自然層位發掘問題〉，「2014年度臺灣考古工作會報」，中央研究院歷史語言研究所主辦，2015.5.1-2。
102. 〈南勢阿美舊社考古學之初步研究〉，「2014年度臺灣考古工作會報」，中央研究院歷史語言研究所主辦，2015.5.1-2。
103. 〈上美崙II遺址發掘及其意義〉，「2014年度臺灣考古工作會報」，中央研究院歷史語言研究所主辦，2015.5.1-2。
104. 劉益昌、趙金勇，〈奇萊平原南勢阿美舊社考古學研究計畫（第二期）〉，發表於「2015年度本院考古研究計畫成果發表會」（台北：中央研究院歷史語言研究所，2016.1）。
105. 劉益昌、趙金勇，〈花東縱谷北段玉器製作與交換體系研究計畫（第一期）〉，發表於「2015年度本院考古研究計畫成果發表會」（台北：中央研究院歷史語言研究所，2016.1）。
106. 趙金勇、劉益昌，〈「花岡山文化探析」研究計畫（第三期）〉，發表於「2015年度本院考古研究計畫成果發表會」（台北：中央研究院歷史語言研究所，2016.1）。
107. 劉瑩三、劉益昌，〈花蓮考古遺址出土古玻璃珠之特性研究〉，發表於「2015年臺灣考古工作會報」（臺東：國立臺灣史前文化博物館，2016.6）。
108. 〈濁水沖積扇原史時期遺址調查與意義〉，發表於「2015年臺灣考古工作會報」（臺東：國立臺灣史前文化博物館，2016.6）。
109. 〈臺灣原住民考古學和族群史建構：回顧與展望〉，發表於「2016 東アジアにおける大学と先住民族との協業のあり方を探る ｰ 先住民文化遺産と考古学：台湾原住民とアイヌｰ」（日本：北海道，2016.11.03）。
110. 〈國家公園與世界文化遺產趨勢〉，發表於「105年度國家公園保育成果與經營管理研討會」（金門：金門國家公園管理處，2016.11.25）。
111. 〈臺灣東部千年前後史前文化的意涵〉，發表於「2016年臺灣考古工作會報」（台中：國立自然科學博物館，2017.7.7-8）。
112. 〈臺灣客家生活空間的意義－－從文化景觀的概念出發〉，發表於「2017年客家文化博物館與社區營造主題論壇」（高雄：佛光山佛陀紀念館，2017.11）。
113. 劉益昌、熊仲卿、趙怡凱、劉秉玟，〈臺東縣綠島鄉公館遺址考古發掘及其意義〉，發表於「2018年臺灣考古學年會暨會員大會」（台南：台南市國立成功大學國際會議廳，2018.6）。
114. 莊家銘、劉益昌，〈漢本遺址豬屬動物的年齡及性別結構─初探臺灣東北岸的生業模式〉，發表於「2018年臺灣考古學年會暨會員大會」（台南：台南市國立成功大學國際會議廳，2018.6）。
115. 劉益昌、熊仲卿、趙怡凱、劉秉玟，〈臺東縣綠島鄉公館遺址考古發掘及其意義〉，發表於「2018年臺灣考古學年會暨會員大會」（台南：台南市國立成功大學國際會議廳，2018.6）。
116. “Archaeological Issues and New Discoveries Around the East Coast of Taiwan. ” paper presented in 2018 The 21st Congress of the Indo-Pacific Prehistory Association (IPPA) (Viet Nam. Sep, 2018).
117. “The Localization of Foreign Material Culture: A Case Study of Taiwan Prehistoric Societies. ” 發表於「公元前後五百年環南海區域的交流與在地化」研討會（台南：國立成功大學考古學研究所、法國遠東學院，2018.11.9-10）。
118. “MARITIME KNOWLEDGE FOR ASIAN SEAS: An interdisciplinary dialogue between maritime historians and archaeologists.” paper presented in Structure of ports in the Southwestern Coast of Taiwan and their vicissitudes in Qing times (France：École française d'Extrême-Orient, Nov, 2018).
119. 〈史前東台灣海域的交流與互動〉，發表於「跨越黑潮：台灣東方海洋文化探究國際學術研討會」（臺東：國立臺灣史前文化博物館、中央研究院民族學研究所、國家海洋研究院，2019.12.15）。
120. 劉俊昱、劉益昌，〈Blihun漢本遺址出土陶器分析與文化類屬〉，發表於「2020第三屆臺灣考古學會學術研討會」（臺北：臺灣考古學會、中央研究院歷史語言研究所，2020.9.11-12）。
121. 〈臺灣史前聚落重建之我見〉，發表於「史前聚落探究：2021新北市國際考古論壇」（新北八里：新北市政府，2021.4.23）。
122. 林淑芬、臧振華、劉益昌、陳光祖，〈十三行遺址出土史前陶片的岩象學研究〉，發表於「2021臺灣考古學會年會暨學術研討會」（新北八里：臺灣考古學會、新北市政府文化局、新北市立十三行博物館，2021.10.29-30）。
123. 王柏喬、劉益昌、鍾國風，〈左營舊城遺址的社群考古計畫（2016-2020）〉，發表於「2021臺灣考古學會年會暨學術研討會」（新北八里：臺灣考古學會、新北市政府文化局、新北市立十三行博物館，2021.10.29-30）。
124. 〈臺中市西屯區惠民段145地號出土遺物整理計畫  臺中市西屯區惠民段145地號新增影響區域出土遺物整理計畫〉，發表於「2021年臺灣考古遺址工作會報」（新北八里：文化部文化資產局，2021.10.31）。
125. 〈南投縣覆鼎金疑似考古遺址試掘及調查研究計畫〉，發表於「2021年臺灣考古遺址工作會報」（新北八里：文化部文化資產局，2021.10.31）。
126. 〈成大考古所成立的目標與意義〉，發表於「國立成功大學考古學研究所成立六週年暨「臺灣考古的第五波」國際學術研討會」（臺南：國立成功大學考古學研究所，2021.11.11）。
127. 〈Prehistoric Burial Jars in Taiwan: the Chronology and Cultural Affiliation（台灣的史前甕棺：年代及文化層）〉，發表於「臺灣與菲律賓的史前甕棺葬 / Buried in Jars: Earthenware Containers and Mortuary Practices in Taiwan and the Philippines」國際研討會（臺南：國立成功大學考古學研究所、法國遠東學院，2021.11.12）。
128. 〈考古學的人地關係與歷史書寫—以雲嘉地區為例〉，發表於「2021南臺灣地方史事與鄉土文化研究學術研討會」（嘉義：國立中正大學歷史系暨研究所、國立臺灣大學全國夏季學院、國史館臺灣文獻館，2021.11.13）。
129. 〈臺灣原史時期的年代與議題〉，發表於「Formosa偎海e所在國際學術研討會」（臺南：國立成功大學文學院，2021.11.26-27）。
130. 〈透過考古工作對熱蘭遮城的理解〉，發表於「海洋、貿易與防禦和志時期台南地區軍事防禦文化遺產講座」（臺南：文化部文化資產局、國立成功大學建築學系，2021.11.27）。
131. 〈東台灣史前文化發展與意義〉，發表於「2022第30屆「新台灣史研習營」—日出之地 展讀台東」（臺東：財團法人吳三連台灣史料基金會，2021.8.16）。
132. 〈什麼是臺灣文化？臺灣文化的主體性？〉，發表於「2022臺灣文化的形塑與構成國際學術研討會」（臺南：國立成功大學歷史學系，2022.8.25）。
133. “The Blihun Hanben Site - A Trade Hub and Craftspeople Settlement in the Metal Period of Taiwan” paper presented in 2022 The 22nd Congress of the Indo-Pacific Prehistory Association(IPPA) (Thailand, Nov, 2022).
134. “On the Excavation and Heritage Management of Dayuan township and Fort Zeelandia in Southwestern Taiwan” paper presented in 2022 The 22nd Congress of the Indo-Pacific Prehistory Association(IPPA) (Thailand, Nov, 2022).
135. “The Resiliency of Ancient People in Taiwan: The Case of the Blihun Hanben Site” paper presented in 2022 The 22nd Congress of the Indo-Pacific Prehistory Association(IPPA) (Thailand, Nov, 2022).
136. 〈考古遺址及其出土物的意義與保存—以熱蘭遮城與大員市鎮為例〉，發表於「第三屆亞洲文物保存修復研討會」（臺北：國立臺灣師範大學美術學系、文物保存維護研究發展中心，2022.11.30）。
137. 〈臺灣考古學與原住族群：細思從頭〉，發表於「亞太區域原住民考古學與文化遺產研討會」（臺南：國立成功大學考古學研究所、法國遠東學院，2023.3.15）。
138. 〈臺灣史前與周邊地區關係〉，發表於「2023新北市國際考古論壇－古代東亞海路交流探究」（新北：新北市立十三行博物館，2023.4.14）。
139. 〈臺灣原史時期研究的意義與現況〉，發表於「亞洲歷史與文化研究的新方向－法國遠東學院臺北中心與中央研究院合作三十週年慶祝會議」（臺北：中研院史語所、法國遠東學院臺北中心，2023.5.19）。
140. 〈越南西南部ê族群關係〉，發表於「人類學視野下的越南文化國際工作坊」（臺北：國立成功大學越南研究中心，2023.5.28）。
141. 陳以琳、江芝華、劉益昌，〈宜蘭縣丸山遺址陶器澱粉粒分析初探〉，發表於「2023臺灣考古學會年會暨學術研討會」（臺北：臺灣考古學會，2023.6.18）。
142. 〈台江與倒風的古老身世〉，發表於「台江風雲400年．內海陸化200年─鯤鯓．內海與生活論壇」（臺南：國立臺灣歷史博物館、國立臺灣文學館、誠美社會企業，2023.9.09）。
143. 劉益昌、董又慈，〈熱蘭遮城最新研究成果發表〉，發表於「第七屆南瀛研究國際學術研討會—臺南港市與周邊」（臺南：臺南市政府文化局、南瀛國際人文社會科學研究中心，2023.10.21）。
144. 〈曾文溪與台南的長時限人地關係〉，發表於「我們從河而來：流域文化千年共筆國際論壇」（臺南：臺南市立博物館，2024.09.14）。
145. 〈 Taiwan in the 17th century and around- An archaeological perspective / 考古所見17世紀前後的臺灣 / 考古学から見る17世紀前後の台湾〉，發表於「17世紀前後的臺灣與周邊：考古學的觀點（1550-1717）國際學術研討會」（臺南：國立成功大學考古學研究所，2024.11.22）。

1. 李光周、劉益昌、李匡悌，《臺灣翡翠水庫考古調查報告》（臺北：國立臺灣大學考古人類學系，1982）。
2. 《太魯閣國家公園普洛灣遺址第一次發掘報告》，內政部營建署太魯閣國家公園委託國立臺灣大學考古人類學系之研究報告（花蓮：內政部營建署太魯閣國家公園，1988）。
3. 《美濃水庫計畫地區考古調查報告》，財團法人中興顧問社委託中央研究院歷史語言研究所之研究報告（臺北：財團法人中興顧問社，1989）。
4. 黃士強、劉益昌，《全省重要史蹟勘查與整修建議——考古遺址與舊社部份》，交通部觀光局委託國立臺灣大學考古人類學系之研究報告（臺北：國立臺灣大學考古人類學系，1993）。
5. 《鳳鼻頭遺址的範圍與文化》，高雄縣政府委託中央研究院歷史語言研究所之研究報告（高雄：高雄縣政府民政局，1994）。
6. 劉益昌、吳佰祿，《雪霸國家公園人文史蹟調查研究（一）：大安溪上游部分》（東勢：內政部營建署雪霸國家公園管理處，1994）。
7. 劉益昌、朱正宜、林淑芬、周淑文，《高雄市龍泉寺遺址範圍及內涵調查研究》，高雄市政府民政局委託中央研究院歷史語言研究所之研究報告（高雄：高雄市政府民政局，1995）。
8. 《北宜高速公路頭城交流道匝道與宜蘭縣大竹圍文化遺址重疊部分發掘調查報告》（宜蘭：財團法人蘭陽文教基金會，1995）。
9. 劉益昌、吳佰祿，《雪霸國家公園人文史蹟調查研究（二）：大安溪、後龍溪上游部分》（東勢：內政部營建署雪霸國家公園管理處，1995）。
10. 劉益昌、邱敏勇、符文鳳，《東部海岸國家風景區綠島史前文化調查研究報告》，交通部觀光局東部海岸國家風景區管理處委託中央研究院歷史語言研究所之研究報告（臺北：中央研究院歷史語言研究所，1995）。
11. 《鯉魚潭水庫計畫地區第二期史蹟調查暨伯公壟遺址發掘計畫報告》，臺灣省水利局中部水資源開發工程處委託中央研究院歷史語言研究所之研究報告（臺北：中央研究院歷史語言研究所，1995）。
12. 《田野調查暨田野發掘實施報告》，「臺灣地區地方考古人才培訓班【第二期】第二階段田野課程」（宜蘭：財團法人蘭陽文教基金會，1996）。
13. 《松茂地區人文史蹟調查研究——托阿卡舊社遺址調查報告》（東勢：內政部營建署雪霸國家公園管理處，1996）。
14. 劉益昌、陳儀深、詹素娟、陳亮全，《芝山岩文化史蹟公園史前文化、人文歷史、視覺景觀等資源調查及居民資源之培育》，臺北市政府民政局委託中華民國都市計畫學會之研究報告（臺北：臺北市政府民政局，1996）。
15. 《臺北市芝山岩遺址受「天母忠誠路次幹管工程」影響部份處理報告》，臺北市政府民政局委託之研究報告（臺北：臺北市政府民政局，1996）。
16. 《藝文資源（展演設施除外）調查作業手冊——考古遺址類》，行政院文化建設委員會委託中央研究院中國文哲研究所籌備處之研究報告（臺北：行政院文化建設委員會，1997）。
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18. 劉益昌、楊鳳屏，《大甲溪上游史前遺址及早期原住民活動調查》，雪霸國家公園管理處委託中華民國國家公園學會之研究報告（東勢：內政部營建署雪霸國家公園管理處，1997）。
19. 劉益昌、李德仁、許蓓青，《東西向快速公路漢寶草屯線「林厝遺址」調查搶救計畫史蹟調查計畫》，臺灣省公路局東西向快速公路中區工程處委託中央研究院歷史語言研究所之研究報告（臺北：臺灣省公路局東西向快速公路中區工程處，1997）。
20. 劉益昌、吳佰祿、楊鳳屏，《大甲溪上游史前遺址及早期原住民活動調查（二）》，雪霸國家公園管理處委託中華民國國家公園學會之研究報告（東勢：內政部營建署雪霸國家公園管理處，1998）。
21. 劉益昌、李德仁、楊鳳屏，《臺中縣史前遺址現況調查研究》，臺中縣立文化中心委託中國民族學會之研究報告（臺中：臺中縣立文化中心，1998）。
22. 《七家灣遺址內涵及範圍研究》（和平：行政院國軍退除役官兵輔導委員會武陵農場，1999）。
23. 劉益昌、郭素秋、戴瑞春、簡史朗、邱水金，《水蛙窟遺址內涵及範圍研究》（南投：南投縣政府，1999）。
24. 劉益昌、顏廷伃，《臺東縣史前遺址內涵及範圍研究——海岸山脈東側與綠島》，臺東縣政府委託中央研究院歷史語言研究所之研究報告（臺東：臺東縣政府，1999）。
25. 劉益昌、顏廷伃、許理清，《七家灣遺址受國民賓館影響範圍發掘報告》（和平：行政院國軍退除役官兵輔導委員會武陵農場，1999）。
26. 黃士強、劉益昌、楊鳳屏，《圓山遺址史蹟公園範圍區考古發掘研究計畫》，臺北市立兒童育樂中心委託國立臺灣大學人類學系之研究報告（臺北：臺北市立兒童育樂中心，1999）。
27. 劉益昌、郭素秋，《臺北市考古遺址調查與研究》（臺北：臺北市政府民政局，2000）。
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30. 劉益昌、鄭安睎，《棲蘭山檜木林區人文史蹟資源調查研究》，內政部營建署太魯閣國家公園管理處委託中華民國國家公園學會之研究報告（花蓮：內政部營建署太魯閣國家公園管理處，2000）。
31. 劉益昌、吳佰祿、鄭安睎、陳秋香、許懿萱，《臺灣原住民舊社遺址調查研究》，行政院原住民委員會委託中國民族學會之研究報告（臺北：行政院原住民委員會，2000）。
32. 劉益昌、陳仲玉、林美智，《集集共同引水工程計畫工區內共和遺址搶救發掘及鄰近地區施工監測報告》，經濟部水利處中區水資源工程局委託中央研究院歷史語言研究所之研究報告（臺中：經濟部水利處中區水資源工程局，2000）。
33. 黃光男、劉益昌、吳國淳，《高雄地區史前遺址展示規劃研究》，高雄市立歷史博物館委託國立歷史博物館之研究報告（高雄：高雄市立歷史博物館，2001）。
34. 劉益昌、郭素秋、簡史朗，《Lalu遺址與邵族歷史》，中央研究院九二一災後重建相關研究計畫執行報告書（臺北：中央研究院，2001）。
35. 劉益昌、林美智、陳雪卿，〈牛罵頭史前遺址內涵範圍研究〉，收入溫振華、劉益昌編，《臺中縣清水牛罵頭遺址地域資料蒐集研究計畫期末報告》（清水：臺中縣文化局，2001）。
36. 劉益昌、陳光祖、顏廷伃，《第一級古蹟大坌坑遺址調查研究報告》，臺北縣政府文化局委託中央研究院歷史語言研究所之研究報告（臺北縣：臺北縣政府文化局，2001）。
37. 劉益昌、邱水金、戴瑞春、王美玉、李貞瑩，《宜蘭縣大竹圍遺址受北宜高速公路頭城交流道匝道影響部分發掘研究報告》（宜蘭市：宜蘭縣政府，2001）。
38. 劉益昌、陳俊男、顏廷伃，《臺東縣史前遺址內涵暨範圍研究——臺東平原以南與蘭嶼地區》，臺東縣政府委託中央研究院歷史語言研究所之研究報告（臺東：臺東縣政府，2002）。
39. 劉益昌、郭素秋，《新竹市上沙崙遺址範圍及內涵研究》，新竹市政府文化局委託中央研究院歷史語言研究所之研究報告（新竹：新竹市政府文化局，2002）。
40. 劉益昌、郭素秋，《大屯七星山系考古遺址調查研究計畫——金包里大路（魚路古道）沿線考古遺址調查研究》，內政部營建署陽明山國家公園管理處委託中華民國國家公園學會之研究報告（臺北：內政部營建署陽明山國家公園管理處，2002）
41. 林玉茹、劉益昌等，《疑似舊麻豆港水堀頭遺址探勘暨歷史調查研究計畫報告》（臺北：中央研究院臺灣史研究所籌備處，2003）。
42. 傅朝卿、劉益昌、李德河等，《第一級古蹟臺灣城殘蹟（原熱蘭遮城）城址初步研究計畫報告》（臺南：財團法人成大研究發展基金會，2003）。
43. 劉益昌、郭素秋等，《臺閩地區考古遺址普查研究計畫（七）》，臺北縣、臺北市、基隆市，內政部委託（臺北：中央研究院歷史語言研究所，2004）
44. 劉益昌、陳仲玉、郭素秋等，《臺閩地區考古遺址普查研究計畫（七）》，南投縣，內政部委託（臺北：中央研究院歷史語言研究所，2004）
45. 劉益昌、陳俊男等，《臺閩地區考古遺址普查研究計畫（七）》，宜蘭縣、花蓮縣，內政部委託（臺北：中央研究院歷史語言研究所，2004）
46. 詹素娟、劉益昌，《陽明山國家公園七星山天坪及竹子湖考古學研究》，內政部營建署陽明山國家公園管理處委託中華民國國家公園學會之研究報告（臺北：內政部營建署陽明山國家公園管理處，2004）
47. 劉益昌、李德河等著，《高雄市左營舊城遺址範圍內「外興隆營區」考古試掘計畫期末報告》，高雄市政府委託中央研究院人文社會科學研究中心考古學研究專題中心之研究報告（高雄：高雄市政府，2004）。
48. 《臺中縣和平鄉Babao遺址搶救發掘計畫第一階段緊急考古發掘田野工作期末報告》，臺中縣文化局委託中央研究院歷史語言研究所之研究報告（臺中：臺中縣文化局，2005）。
49. 《臺中科學園區基地清代窯址發掘出土標本整理研究計畫成果報告》，中部科學工業園區開發籌備處委託中央研究院人文社會科學研究中心考古學研究專題中心之研究報告（臺中：中部科學工業園區開發籌備處，2005）。
50. 劉益昌、林淑芬等，《國立故宮博物院南部分院基地考古遺址調查計畫結案報告》，國立故宮博物院委託中央研究院歷史語言研究所之研究報告（臺北：國立故宮博物院，2006）。
51. 李德河、傅朝卿、劉益昌等，《王城試掘研究計畫（二）及影像紀錄期末報告》，行政院文化建設委員會指導、臺南市政府委託財團法人成大研究發展基金會之研究報告（臺南：臺南市政府，2006）。
52. 劉益昌、郭素秋、林淑芬、林美智，《臺北植物園及南海學園地下遺址之考古探勘專業分析評估計畫》，行政院農委員林業試驗所委託臺灣打里摺文化協會（臺北：行政院農委員林業試驗所，2006）。
53. 劉益昌、溫振華、王淑津、林美智，《「臺中縣縣定古蹟牛罵頭遺址調查研究計畫案」結案報告書》（清水：臺中縣文化局，2006）。
54. 劉益昌、邱敏勇、林美智、鍾翰光，《綠島人權紀念園區遺址調查研究計畫案報告》，行政院文化建設委員會委託中央研究院歷史語言研究所執行（臺北：行政院文化建設委員會，2006）。
55. 郭素秋、劉益昌，《金門移民適應與遷移調查研究（史前後期）》，內政部營建署金門國家公園管理處委託研究報告（金門縣：內政部營建署金門國家公園管理處，2006）。
56. 劉益昌、王淑津、林美智，《陽明山及鄰近地區考古學研究的回顧與展望》，內政部營建署陽明山國家公園管理處委託研究報告（臺北：內政部營建署陽明山國家公園管理處，2006）。
57. 劉益昌、曾宏民、李佳瑜，《臺中縣考古遺址普查與研究計畫遺址登錄表》，臺中縣文化局委託中央研究院人文社會科學研究中心考古學研究專題中心之研究報告（臺中：臺中縣文化局，2007）。
58. 劉益昌、陳俊男、曾宏民、李佳瑜，《臺中縣考古遺址普查與研究計畫研究報告》，臺中縣文化局委託中央研究院人文社會科學研究中心考古學研究專題中心之研究報告（臺中：臺中縣文化局，2007）。
59. 劉益昌、王淑津、林美智、曾宏民，《東沙環礁國家公園陸域考古遺址調查研究計畫成果報告書》，臺中縣文化局委託中央研究院人文社會科學研究中心考古學研究專題中心之研究報告（臺中：臺中縣文化局，2007）。
60. 劉益昌、顏廷伃、林美智、陳卉婷，《雲林縣考古遺址普查計畫遺址調查表》，雲林縣政府委託（雲林：雲林縣政府，2007）。
61. 劉益昌、顏廷伃、林美智、陳卉婷，《雲林縣考古遺址普查計畫成果報告書》，雲林縣政府委託（雲林：雲林縣政府，2007）。
62. 劉益昌、林美智、顏廷伃、曾宏民，《臺中縣和平鄉 Babao 遺址（2008）》（清水：臺中縣文化局，2008）。
63. 劉益昌、鍾國風、林美智，《桃園縣大園鄉大園尖山遺址（2007）》（桃園縣大園鄉大園國民小學，2008）。
64. 劉益昌、厲以壯、林美智，《苗栗縣竹南鎮山佳遺址（2008）》（行政院文化建設委員會主辦，苗栗縣文化局，2008）。
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68. 劉益昌、潘英海、鍾國風、黃正璋、張博森，《大馬璘遺址射箭中心開發基地範圍內考古探坑發掘研究計畫成果報告書》，南投縣政府文化局委託國立暨南國際大學人類學研究所（南投：南投縣政府文化局，2009）。
69. 李德河、劉益昌，《臺灣府城城垣殘跡非破壞探測考古試掘及維護工法研究計畫》，經濟部委託國立成功大學公共工程研究中心、中央研究院歷史語言研究所（臺北：經濟部，2010）。
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71. 劉益昌、顏廷伃、蕭清松、顏妏晏、許怡婷，《東西向快速公路北門玉井線西寮遺址搶救發掘工作成果報告書　第一部份　發掘總述　第一冊　序說、地層與遺跡》（臺南市：交通部公路總局高南區工程處，2011）。
72. 劉益昌、顏廷伃、劉宥里、魏弘宜、陳亭因、郭意嵐，《東西向快速公路北門玉井線西寮遺址搶救發掘工作成果報告書　第一部份 發掘總述／第二冊 陶瓷器遺物》（臺南市：交通部公路總局高南區工程處，2011）。
73. 劉益昌、顏廷伃、魏弘宜、蔣秉真、黃惠婷、郭意嵐、何冠儀，《東西向快速公路北門玉井線西寮遺址搶救發掘工作成果報告書　第一部份 發掘總述／第三冊 其他遺物》（臺南市：交通部公路總局高南區工程處，2011）。
74. 劉益昌、陳光祖、劉瑩三、陳維鈞、邱敏勇、郭素秋、林淑芬、顏廷伃、藍惠琤、鄭玠甫、傅秉秋、涂雅珍、郭貽菱、吳佩秦，《東西向快速公路北門玉井線西寮遺址搶救發掘工作成果報告書　第二部份　專題研究》（臺南市：交通部公路總局高南區工程處，2011）。
75. 《臺中市清水區鎮政路計畫道路路權範圍內市定遺址清水中社遺址考古搶救發掘計畫考古監看紀錄成果報告書》（臺中：臺中市文化資產管理中心，2012）。
76. 《行政院農業委員會漁業署及防檢局等機關合署大樓工程基地植物園文化遺址搶救發掘報告：臺北市植物園遺址(2009-2011)》（臺北：行政院農業委員會動植物防疫檢疫局，2011）。
77. 《臺中市清水區鎮政路計畫道路路權範圍內市定遺址－清水中社遺址考古搶救發掘計畫成果報告書》（臺中：臺中市文化資產管理中心，2012）。
78. 《花蓮縣縣定遺址－萬榮．平林遺址內涵及範圍調查研究計畫成果報告書》（花蓮：花蓮縣文化局，2012）。
79. 《臺中市清水區鎮政路計畫道路路權範圍內市定遺址—清水中社遺址考古搶救發掘計畫成果報告書》，臺中市文化資產管理中心委託，2013。
80. 劉益昌、趙金勇，《花崗國中校舍新建工程（第二期）遺址搶救發掘計畫成果報告書》，花蓮縣文化局委託，2014。
81. 劉益昌、鍾國風，《花蓮縣上美崙II遺址》，花蓮縣文化局委託之專題研究成果報告，2015。
82. 劉益昌，《雲林縣番仔溝遺址文化內涵與範圍研究計畫成果報告》，雲林縣政府委託國立暨南國際大學之研究報告，2015。
83. 劉瑩三、劉益昌，《台灣地區考古遺址出土古玻璃珠之特性研究（MOST103-2116-M259-001）》，科技部研究計畫報告，2015.7。執行期間2014/08/01~2015/07/31。
84. 厲以壯、劉益昌，《雲林縣斗六社口遺址搶救發掘計畫成果報告書》，雲林縣政府委託國立暨南國際大學之研究報告，2015.12。
85. 劉益昌、鍾國風，《嘉義縣太保市埤麻腳遺址(2016)》，嘉義縣政府委託之研究報告，2016。
86. 劉益昌，《綠島人權文化園區景觀及遺址調查暨保存維護計畫案調查研究結案成果報告書》，國家人權博物館籌備處委託之研究報告，2016。
87. 劉益昌，《臺中市潭子區頭家厝遺址（2012-2014）。協誠營造委託國立暨南國際大學之研究報告》（總論、分坑（一）P227~234、分坑（二）P235~241，共三冊），2016.5。
88. 劉瑩三、劉益昌，《台灣地區新石器時代晚期與金屬器時代考古遺址出土黑陶之研究及其意義》，科技部研究計畫報告（MOST104-2116-M259-003），2016.7。執行期間2015/08/01~2016/07/31。
89. 劉益昌、厲以壯、蔣秉真，《臺中市西屯區惠順段113地號出土遺物整理計畫成果報告書》，臺中市文化資產處委託國立成功大學之研究報告，2017.9。
90. 劉益昌、厲以壯、董又慈，《臺中市西屯區惠民段145地號出土標本整理計畫成果報告書》，臺中市文化資產處委託國立成功大學之研究報告，2017.11。
91. 顏廷伃、劉益昌、蕭清松、郭意嵐、葉子豐，《志樂溪人文史蹟遺址調查研究計畫成果報告》，雪霸國家公園管理處委託社團法人中華民國國家公園學會之研究報告，2017.12。
92. 劉益昌、董又慈、劉姵吟、萬宗欣，《台中市西屯區惠民段145地號辦公室及旅館新建工程部分面積考古搶救計畫修正後發掘階段報告書》，東昇工程顧問有限公司委託國立成功大學考古學研究所之報告，2018.3。
93. 劉益昌、熊仲卿、劉秉玟、趙怡凱，《國家人權博物館綠島人權文化園區第二期遺址調查研究計畫案結案報告書》，國家人權博物館委託國立成功大學之研究報告，2018.4。
94. 劉益昌、段洪坤、熊仲卿、鍾國風、呂怡屏、許芝瑜、邱延洲、林佑庭，《臺南市西拉雅族文化資產第一期先期調查研究與保存可行性評估計畫成果報告》，臺南市政府委託國立成功大學考古學研究所之報告，2018.5。
95. 劉益昌，《臺中市新社區七分段七分小段314-1、310-5地號七分疑似考古遺址評估報告書》，林淑貞委託國立成功大學考古學研究所之報告，2018.7。
96. 劉益昌、劉瑩三、鍾國風，《花蓮縣史前玉器製作工坊群調查研究》，花蓮縣文化局委託國立成功大學考古學研究所之報告，2018.10。
97. 鍾國風、劉益昌、趙金勇、王淑津、王柏喬，《壽山國家自然公園史蹟活化利用保存及展示計畫-大小龜山及左營舊城地區成果報告書》，內政部營建署壽山國家自然公園委託國立成功大學考古學研究所之報告，2018.12。
98. 劉益昌、林賜勳、徐翊倩，《106年度彰化縣遺址巡查監管計畫成果報告書》，彰化縣政府委託國立成功大學考古學研究所之報告，2018.12。
99. 劉益昌、莊家銘、蔣秉真，《國定鳳鼻頭(中坑門)遺址考古調查試掘研究計畫成果報告書》，高雄市政府文化局委託國立成功大學考古學研究所之研究報告，2019.1。
100. 劉益昌、周子揚、林美智，《紅毛城停車場人行環境改善工程前考古遺址調查發掘計畫結案報告書》，新北市立淡水古蹟博物館委託國立成功大學考古學研究所之報告，2019.5。
101. 劉益昌，《新北市新店區寶高智慧產業園區設置前考古遺址調查發掘計畫結案成果報告書》，新北市政府經濟發展局委託國立成功大學考古學研究所之報告，2019.5。
102. 劉瑩三、劉益昌，《臺灣中部與南部地區新石器時代晚期灰黑陶的科學分析》，科技部委託國立東華大學自然資源與環境學系之報告，2019.7。
103. 劉益昌，《臺中市南屯區21等4公墓遷葬文資認定監看記錄計畫》，臺中市生命禮儀管理處委託國立成功大學考古學研究所之報告，2019.11。
104. 劉益昌、林美智，《「八里坌史前文化-考古遺址文化內涵研究」結案報告書》，新北市立十三行博物館委託國立成功大學考古學研究所之報告，2019.12。
105. 劉益昌、董又慈，《臺北藝術園區—臺北市立美術館擴建案涉及國定圓山考古遺址範圍調查考古試掘計畫成果報告書》，臺北市政府文化局委託國立成功大學考古學研究所之報告，2020.1。
106. 劉益昌，《變更樹林主要計畫用地案範圍內潭底及坡內坑考古遺址價值及內涵調查評估計畫成果報告書》，新北市政府文化局委託國立成功大學考古學研究所之報告，2020.2。
107. 劉益昌，《新北市金山區龜子山小段83-1地號等13筆土地考古遺址試掘調查評估報告書（修訂版）》，張正昀建築師事務所委託國立成功大學考古學研究所之報告，2020.3。
108. 劉益昌、蔣秉真，《臺北市立美術館典藏庫房新建案涉及國定遺址圓山考古遺址範圍調查試掘評估計畫成果報告書》，臺北市立美術館委託國立成功大學考古學研究所之報告，2020.4。
109. 劉瑩三、劉益昌，《臺灣東南部與恆春地區金屬器時代灰黑陶的來源研究》，科技部委託國立東華大學自然資源與環境學系之報告，2020.7。
110. 劉益昌、李瑞琳、林美智，《壽山國家自然公園文化體系考古計畫期末報告書（修正版）》，壽山國家自然公園委國立成功大學考古學研究所之報告，2020.10。
111. 劉益昌、林賜勳，《南投縣109年度考古遺址監管保護計畫結案成果報告書》，南投縣政府文化局委託國立成功大學考古學研究所之報告，2021.3。
112. 劉益昌、林美智、董又慈，《桃園科技工業園區第二期開發計畫考古遺址評估調查計畫成果報告》，長豐工程顧問股份有限公司委託國立成功大學考古學與文化資產研究中心之報告，2021.6。
113. 劉益昌、曾義星、鍾國風、熊仲卿（2021年07月），《高雄市左營區鳳山縣舊城(城內空間)考古調查發掘暨展示研究計畫成果報告書 第一冊》，高雄市政府文化局委託國立成功大學考古學研究所之報告。
114. 劉益昌、曾義星、鍾國風、熊仲卿（2021年07月），《高雄市左營區鳳山縣舊城(城內空間)考古調查發掘暨展示研究計畫成果報告書 第二冊》，高雄市政府文化局委託國立成功大學考古學研究所之報告。
115. 劉益昌、林美智（2021年08月），《南投縣覆鼎金疑似考古遺址試掘及調查研究計畫結案成果報告》，南投縣政府文化局委託國立成功大學考古學研究所之報告。
116. 劉益昌、蔣秉真、王禹升（2021年11月），《高雄市那瑪夏區民權國民小學附設幼兒園基地民權考古遺址考古搶救發掘計畫成果報告書》，高雄市政府教育局委託國立成功大學考古學研究所之報告。
117. 劉益昌、熊仲卿、郭佳榮（2021年12月），《金門地區史前文化發展及南島民族形成與擴張（2/2）成果報告》，金門國家公園管理處委託國立成功大學考古學研究所之報告。
118. 劉益昌、董又慈、王柏喬（2021年12月），《第一期熱蘭遮城與大員市鎮疑似遺址調查研究計畫成果報告書》，臺南市文化資產管理處委託國立成功大學考古學研究所之報告。
119. 劉益昌、萬宗欣、劉姵吟（2021年12月），《台灣中油股份有限公司L1010126吋陸上輸氣管線工程營埔遺址考古搶救發掘計畫成果報告（修正版）》，亞太環境科技股份有限公司委託國立成功大學考古學研究所之報告。
120. 劉益昌（2022年01月），《圓山會展特定專用區再開發案考古試掘計畫成果報告書》，臺北市政府產業發展局委託國立成功大學考古學與文化資產研究中心之報告。
121. 劉益昌（2022年01月），《臺中市西屯區惠國段171地號新建工程考古試掘評估報告（修正後）》，東昇工程顧問有限公司委託國立成功大學考古學與文化資產研究中心之報告。
122. 劉益昌、鍾國風、熊仲卿、林美智、蔣秉真（2022年03月），《臺中市13期重劃區第一、二、四標工區涉及麻糍埔暨番婆庄遺址雨污下水道搶救發掘計畫結案報告第一冊 總論（修訂版）》，臺中市文化資產處委託國立成功大學考古學研究所之報告。
123. 劉益昌、鍾國風、熊仲卿、林美智、蔣秉真（2022年03月），《臺中市13期重劃區第一、二、四標工區涉及麻糍埔暨番婆庄遺址雨污下水道搶救發掘計畫結案報告第二冊 番婆庄考古遺址（修改版）》，臺中市文化資產處委託國立成功大學考古學研究所之報告。
124. 劉益昌、鍾國風、熊仲卿、林美智、蔣秉真（2022年03月），《臺中市13期重劃區第一、二、四標工區涉及麻糍埔暨番婆庄遺址雨污下水道搶救發掘計畫結案報告第三冊 麻糍埔考古遺址（修正版）》，臺中市文化資產處委託國立成功大學考古學研究所之報告。
125. 劉益昌、林美智（2022年06月），《110年南投縣考古遺址普查計畫成果報告書》，南投縣政府文化局委託國立成功大學考古學研究所之報告。
126. 劉益昌、萬宗欣、劉姵吟（2022年07月），《臺中市西屯區龍富段77-1等9筆地號考古搶救發掘計畫發掘階段成果報告》，東昇工程顧問有限公司委託國立成功大學考古學與文化資產研究中心之報告。
127. 劉益昌、陳伯修、胥鴻恩（2022年11月），《臺中市西屯區惠民段114、115、116地號考古搶救發掘計畫 發掘階段成果報告（核定版）》，東昇工程顧問有限公司委託國立成功大學考古學與文化資產研究中心之報告。
128. 劉益昌、萬宗欣、劉姵吟、胥鴻恩（2022年11月），《臺中市西屯區惠民段9-2地號新建工程考古試掘評估計畫試掘調查評估報告（核定版）》，東昇工程顧問有限公司委託國立成功大學考古學與文化資產研究中心之報告。
129. 劉益昌、林賜勳、林美智（2022年12月），《臺中市清水區建國國民小學綜合活動中心暨教學大樓新建工程考古搶救發掘計畫成果報告書（核定版）》，臺中市清水區建國國民小學委託國立成功大學考古學與文化資產研究中心之報告。
130. 劉益昌、萬宗欣、劉姵吟（2023年02月），《臺中市西屯區惠國段116、117、118地號新建工程考古試掘評估計畫試掘擴大發掘報告（核定版）》，東昇工程顧問有限公司委託國立成功大學考古學與文化資產研究中心之報告。
131. 劉益昌、萬宗欣、劉姵吟（2023年07月），《臺中市西屯區惠泰段285等13筆地號新建工程考古試掘評估計畫考古試掘評估報告書（核定版） 》，東昇工程顧問有限公司委託國立成功大學考古學與文化資產研究中心之報告。
132. 劉益昌（2023年08月），《研擬「芝山岩考古遺址」文化資產價值評估案報告》文化部文化資產局委託國立成功大學考古學與文化資產研究中心之報告。
133. 劉益昌、林賜勳、胥鴻恩（2023年09月），《臺中市清水區建國國民小學綜合活動中心暨教學大樓新建工程後續擴大考古搶救發掘計畫結案報告書（修正版）》，臺中市清水區建國國民小學委託國立成功大學考古學與文化資產研究中心之報告。
134. 劉益昌、董又慈（2023年10月），《第二期熱蘭遮城與大員市鎮考古發掘調查研究計畫成果報告書》臺南市文化資產管理處委託國立成功大學考古學研究所之報告。
135. 劉益昌、鍾國風、林美智、林文傑（2023年12月），《高雄市原住民族地區第一期（那瑪夏區）考古遺址普查計畫成果報告書》高雄巿政府文化局委託國立成功大學考古學研究所之報告。
136. 劉益昌、鍾國風、林美智、林文傑（2023年12月），《高雄市原住民族地區第一期（那瑪夏區）考古遺址普查計畫遺址調查表》高雄巿政府文化局委託國立成功大學考古學研究所之報告。
137. 劉益昌（2024年01月），《南化複線—南化至左鎮送水管橋(二)段工程考古遺址監看計畫監看報告書》瑞鋒營造股份有限公司委託國立成功大學考古學與文化資產研究中心之報告。
138. 劉益昌、胥鴻恩（2024年04月），《臺中市西屯區惠泰段327地號新建工程考古試掘評估試掘調查評估報告（修正版）》東昇工程顧問有限公司委託國立成功大學考古學與文化資產研究中心之報告。
139. 劉益昌、林美智、李長庭（2024年05月），《曾文南化聯通管統包工程A1標─175市道圓環至曾庫公路段考古遺址監看報告書》中華工程股份有限公司委託國立成功大學考古學與文化資產研究中心之報告。
140. 劉益昌、林美智（2024年05月），《「曾文南化聯通管統包工程A3標」台3線西側台南玉井段工程考古遺址監看報告書》瑞鋒營造股份有限公司委託國立成功大學考古學與文化資產研究中心之報告。
141. 劉益昌、林美智（2024年09月），《「曾文南化聯通管統包工程A3標─沙仔田考古遺址搶救發掘計畫搶救發掘評估報告（修正版）》瑞鋒營造股份有限公司委託國立成功大學考古學與文化資產研究中心之報告。
142. 劉益昌（2024年09月），《臺中市南屯區樂田段13、14等二筆地號新建工程考古試掘評估計畫試掘調查評估報告（核定版）》東昇工程顧問有限公司委託國立成功大學考古學與文化資產研究中心之報告。

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52. 〈從史前文化層序談臺灣先住民及其文化溯源〉，《臺灣學通訊》35（2009）：2-3。
53. 〈日治時期考古學家身影〉，《臺灣學通訊》35（2009）：4-5。
54. 〈十五份遺址：一段學術史的議題〉，收入周述蓉主編，《十五份遺址學術研討會論文集》（臺北：臺北市文山社區大學，2010），頁130-136。
55. 〈17世紀の台湾——ゼーランディア城の發掘成果から〉，收入菊池誠一、阿部百里子編，《海の道と考古學》（東京：高志書院，2010），頁173-193。
56. 〈走出客家的胡同／困境〉，收入臺中縣石岡鄉公所編，《大埔客家文化研究：石岡鄉第一至四屆大埔客家文化學術研討會論文選集》（臺中：臺中縣石岡鄉公所、石岡鄉民代表大會，2010），頁1-15。
57. 〈古老的紅毛港人——從紅毛港遺址談起〉，《新竹文獻》45（2010）：7-21。
58. 〈從長時間發展過程談台江的概念與人文意涵〉，收入薛美莉主編，《黑面琵鷺與沿海濕地保育國際研討會論文集》（集集：行政院農業委員會特有生物研究保育中心，2011），頁176-178。
59. 〈導讀：重讀《台灣風土》〉，收入陳奇祿主編，《臺灣風土》第二冊考古與原住民之部（臺南：臺南市政府文化局，2013），頁193-203。又載《鹽分地帶文學》48：101-115，2013.10。
60. 〈原住民族「文化國土」的理念與實務〉，《原住民族文獻》第二輯第十期（2013.12）：4-9。
61. 〈消失的小琉球原住民：從烏鬼洞談文化國土〉，《原住民族文獻》第二輯第十期（2013.12）：13-17。
62. 劉益昌、邵厚潔，〈漢本遺址與蘇花道路〉，《工程》86(6)：65-71，2013.12。
63. 劉益昌、趙金勇，〈臺灣新石器時代至現代早期的海洋樣貌〉，《人文與社會科學簡訊》18.2(2017.3)：185-193。